La Seconde Guerre mondiale en Macédoine yougoslave a commencé avec l'invasion de la Yougoslavie par l'Axe en . Sous la pression du mouvement partisan yougoslave, une partie des communistes macédoniens entame en une campagne politique et militaire pour résister à l'occupation de la Macédoine du Vardar. Officiellement, la région s'appelait alors Banovine du Vardar, car le nom même de Macédoine était interdit dans le royaume de Yougoslavie. Il était occupé principalement par les forces bulgares, mais aussi par les forces allemandes, italiennes et albanaises. Au départ, il n'y avait pas de résistance organisée car la majorité des Slaves macédoniens étaient d'orientation pro-bulgare. Il n'a commencé à se développer qu'en 1943 avec la capitulation de l'Italie et les victoires soviétiques sur l'Allemagne nazie. Le rôle des communistes bulgares, qui ont évité d'organiser une résistance armée de masse, a également été un facteur clé. Leur influence sur l'organisation du Parti macédonien est restée dominante jusqu'en 1943, lorsqu'il est devenu évident que l'Allemagne et la Bulgarie seraient vaincues. À cette époque, l'émissaire spécial de Tito, Svetozar Vukmanović, arriva en Macédoine. Vukmanović a dû activer la lutte et lui donner une nouvelle façade ethnique macédonienne. Cela a conduit à la montée en puissance de la jeune génération de dirigeants partisans anti-bulgares, fidèles à la Yougoslavie. Ils forment en 1943 l' Armée populaire de libération de Macédoine et le Parti communiste macédonien. Dans la partie ouest de la région, les partisans albanais ont également participé au mouvement de résistance. Après que la Bulgarie ait changé de camp dans la guerre en septembre 1944, le bulgare. Armée stationnée en Macédoine, reculée vers les anciennes frontières de la Bulgarie. Début octobre, l' Armée populaire bulgare nouvellement formée et l'Armée rouge sont rentrées dans la Yougoslavie occupée pour bloquer le retrait des forces allemandes de Grèce. La Macédoine yougoslave a été libérée fin novembre lorsque la Yougoslavie communiste a été établie.