Il existe un mouvement séparatiste en . Ce territoire, anciennement Nouvelle-Guinée néerlandaise, fut conquis par l'Indonésie en 1963 et a été divisé en deux provinces administratives : la Papouasie et la Papouasie occidentale, qui sont les traductions en français des noms officiels indonésiens, respectivement Papua et Papua Barat (une réforme de 2022 instituent désormais six provinces). Le mouvement séparatiste est principalement véhiculé par l'Organisation pour une Papouasie libre. Pour éviter les confusions il faut bien noter que l'expression Papouasie occidentale (Papua Barat en indonésien, West Papua en anglais) est utilisée dans deux sens différents par les belligérants : pour les Papous indépendantistes, il s'agit depuis 1961 de tout le territoire de l'ancienne colonie, soit la moitié occidentale de l'île de Nouvelle-Guinée ; en revanche, pour l'administration indonésienne, qui a longtemps interdit l'expression, il ne s'agit que de la province à l'extrême ouest de l'île, depuis un décret présidentiel de 2003. En 1660, la VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie, c'est-à-dire la Compagnie néerlandaise des Indes orientales), présente dans les Moluques depuis 1605, reconnaît la suzeraineté du sultan de Tidore, alors un des principaux États de l'est de l'archipel indonésien, sur les "Papous". Tidore, dont l'importance a disparu avec le déclin du commerce des épices au , réaffirme son statut de vassal des Néerlandais au début des années 1870. La Nouvelle-Guinée occidentale est ainsi directement intégrée aux Indes néerlandaises. À la fin des années 1940, les Pays-Bas reconnaissaient encore la suzeraineté de Tidore sur une partie du nord de la Nouvelle-Guinée occidentale. Des années 1930 aux années 1950, des Papous rejoignent le mouvement national indonésien . En 1945, Silas Papare organise la rébellion d’un bataillon papou contre les Néerlandais. La rébellion est écrasée l’année suivante . Papare fonde le Partij Kemerdekaan Irian Indonesia (« parti pour l’indépendance d’un Irian indonésien »).