Les bactéries génétiquement modifiées ont été les premiers modèles à être modifiés en laboratoire, en raison de leur génétique simple. Ces organismes sont maintenant utilisés à plusieurs fins comme dans la production en grandes quantités de protéines humaines pures pour un usage médical. La première expérience a été réalisée en 1978 dans un laboratoire de l'Université de Californie par Herbert Boyer. , Lors de son travail, une version du gène de l'insuline humaine a été insérée dans la bactérie Escherichia coli pour produire de l'insuline "humaine" synthétique. Quatre ans plus tard, la Food and Drug Administration des États-Unis autorise la commercialisation de l'insuline de synthèse. Les bactéries ont été les premiers organismes à être modifiés génétiquement en laboratoire, en raison de la facilité à modifier leurs chromosomes. Cette facilité en a fait des outils importants pour la création d'autres OGM. Des gènes et d'autres informations génétiques provenant d'un large éventail d'organismes peuvent être ajoutés à un plasmide et insérés dans des bactéries pour y être stockés et modifiés. Les bactéries sont bon marché, se cultive facilement, se multiplient rapidement, sont relativement faciles à transformer et peuvent être stockées à -80 °C presque indéfiniment. Une fois qu'un gène est isolé, il peut être stocké à l'intérieur de la bactérie, fournissant un stock illimité pour la recherche. Le grand nombre de plasmides personnalisés rend la manipulation de l'ADN extrait des bactéries relativement facile. Leur facilité d'utilisation en a fait des outils de choix pour les scientifiques cherchant à étudier la fonction et l'évolution des gènes. a plupart des manipulations d'ADN ont lieu à l'intérieur de plasmides bactériens avant d'être transférés à un autre hôte. Les bactéries sont l'organisme modèle le plus simple et la plupart de nos premières connaissances en biologie moléculaire proviennent de l'étude d'Escherichia coli.