Publication

Use of Qualitative Environmental and Phenotypic Variables in the Context of Allele Distribution Models: Detecting Signatures of Selection in the Genome of Lake Victoria Cichlids

Stéphane Joost, Michaël Kalbermatten
2012
Chapitre de livre
Résumé

When searching for loci possibly under selection in the genome, an alternative to population genetics theoretical models is to establish allele distribution models (ADM) for each locus to directly correlate allelic frequencies and environmental variables such as precipitation, temperature, or sun radiation. Such an approach implementing multiple logistic regression models in parallel was implemented within a computing program named MATSAM. Recently, this application was improved in order to support qualitative environmental predictors as well as to permit the identification of associations between genomic variation and individual phenotypes, allowing the detection of loci involved in the genetic architecture of polymorphic characters. Here, we present the corresponding methodological developments and compare the results produced by software implementing population genetics theoretical models (DFDIST and BAYESCAN) and ADM ( MATSAM ) in an empirical context to detect signatures of genomic divergence associated with speciation in Lake Victoria cichlid fishes.

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Concepts associés (34)
Genetic architecture
Genetic architecture is the underlying genetic basis of a phenotypic trait and its variational properties. Phenotypic variation for quantitative traits is, at the most basic level, the result of the segregation of alleles at quantitative trait loci (QTL). Environmental factors and other external influences can also play a role in phenotypic variation. Genetic architecture is a broad term that can be described for any given individual based on information regarding gene and allele number, the distribution of allelic and mutational effects, and patterns of pleiotropy, dominance, and epistasis.
Cichlidae
La famille des Cichlidés appartient à l'ordre des Cichliformes. Cette famille comporte plus de 200 genres et entre 1 600 et espèces, réparties principalement en Afrique, en Amérique centrale, Amérique du Sud, Texas (une espèce), Israël, Madagascar, Syrie, Iran, Sri Lanka et sur les côtes sud des Indes. Le lac Malawi abrite à lui seul près d'un milier d'espèces. De nombreuses espèces sont importées et parfois élevées en Europe à des fins aquariophiles, en raison de leurs couleurs vives et de leurs mœurs parfois évoluées.
Lac Victoria
Le lac Victoria, ou Nyanza (encore appelé lac Ukéréoué ou Nalubaale) avec une superficie de , est le plus grand lac d'Afrique et le troisième au monde. Il doit son nom occidental à l'explorateur britannique Speke qui fut en 1858 le premier Européen à l'atteindre, et qui le baptisa en l'honneur de la reine Victoria. Situé en Afrique de l'Est, au cœur d'une zone densément peuplée, il est bordé par le Kenya au nord-est, l'Ouganda au nord et au nord-ouest et la Tanzanie au sud, sud-ouest et sud-est.
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