Historiquement, une pharmacopée est un ouvrage encyclopédique recensant principalement des plantes à usage thérapeutique, mais également des substances d'origine animale ou minérale et, plus récemment, des substances chimiques. Parmi les importantes pharmacopées publiées à l'époque moderne, il faut citer le Nuovo ricettario composto dal Collegio dei Dottori di Firenze (1498), ainsi que celles du médecin Abul Qasim ibn Mohammed al-Ghassani (1610), de Nicolas Lémery (1697), de John Quincy (1749) et d'Antoine Jourdan (1828). De nos jours, le terme désigne généralement un recueil à caractère officiel et réglementaire des matières premières autorisées dans un pays ou dans un groupe de pays pour la fabrication des médicaments. Il existe des pharmacopées nationales, comme la pharmacopée française, dénommée Codex Medicamentarius Gallicus jusqu'en 1963, et des pharmacopées internationales, comme la pharmacopée européenne, publiée par le Conseil de l'Europe, et celle publiée au niveau mondial par l'OMS. Par métonymie, le terme de pharmacopée désigne aussi l'ensemble des médicaments, souvent des plantes, utilisés dans une région ou à une époque donnée. On parle ainsi de pharmacopée traditionnelle. Le terme dérive du grec hellénistique / farmakopoiía, « l'art de préparer les médicaments », lui-même issu de / pharmakon = médicament, suivi par la racine verbale / poi- = faire et enfin de la terminaison abstraite / -ia.. En tant qu'ouvrage de pharmacie la pharmacopée succède à l'antidotaire du Moyen Âge (synonyme) ou liste de drogues composées, de médicaments. L'aqrabadin des arabes était également une liste de « drogues composées » et non de drogues simples comme Materia medica de Dioscoride (herbes, plantes, simples médecine). À base d'extraits de plantes médicinales, elle a été utilisée jusqu'à l'époque contemporaine en Europe et dans les sociétés dites primitives. Elle est primordiale dans la médecine traditionnelle chinoise car elle répertorie toutes les plantes et minéraux utilisés pour le traitement des maladies (par des décoctions, des poudres).

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