La mutagénèse aléatoire est une technique qui consiste à induire des mutations génétiques, afin d'obtenir un grand nombre de mutants, pouvant être par la suite sélectionnés. Ces mutations peuvent être obtenues en modifiant les propriétés du milieu (concentration en ions, enzymes...), par l'action de composés mutagènes chimiques ou encore par irradiation. La mutagénèse aléatoire sert principalement à localiser des gènes codant un phénotype particulier. En effet, après avoir obtenu des mutations dans diverses régions du génome, les mutants sont triés à l'aide d'un crible et seuls seront gardés ceux qui présenteront le caractère que l'on veut observer. Une fois le(s) gène(s) identifié(s), on pourra utiliser la mutagénèse dirigée pour créer des mutations plus ciblées et étudier leurs impacts sur le phénotype. Lorsqu'on sait peu de choses sur la fonction d'une protéine, la mutagénèse aléatoire est souvent utilisée comme première étape d'investigation. L'analyse des mutants obtenus donne plus d'informations sur la fonction et les gènes associés à cette protéine. L'intérêt de cette stratégie est qu'elle permet de réduire le champ de recherches à un fragment beaucoup plus petit. Il s'agit de favoriser les mutations dans l'environnement dans lequel se trouve l'ADN, soit en modifiant les propriétés du milieu (concentration en ions, enzymes...), ou par l'action de composés mutagènes chimiques ou physiques. Il existe des systèmes de réparation de l'ADN qui interviennent au cours de sa synthèse et remplacent les mauvais nucléotides. Un moyen d'augmenter le nombre d'erreurs, et donc de mutations, est de jouer sur ces systèmes de correction. Par exemple, on utilisera une Taq polymérase qui n'a pas d'activité de relecture. Elle ne pourra donc pas corriger les erreurs commises durant la réplication de l'ADN. Le principe consiste à jouer sur les paramètres de la PCR pour "forcer" la Dna polymerase introduire des erreurs (biaiser les concentrations en dNTPs et en Mg2+, ajouter du Mn2+, etc.).

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