En botanique, le prothalle (du latin pro-, « qui précède, qui se produit avant », et du grec θαλλος (thallos), « brindille ») est une structure reproductrice autonome des Ptéridophytes, porteuse des gamètes. C'est une petite lame mince formée de cellules chlorophylliennes (lorsqu'il est vert mais pouvant être également sans couleur et saprotrophe), issue du développement d'un protonéma formé lors de la germination d’une spore chez les ptéridophytes (ou ptérophytes, Pteridophyta, les fougères et d’autres espèces proches). Cette structure est formée par divisions mitotiques de cellules haploïdes. Le prothalle a généralement une forme triangulaire (cordiforme) et sa taille est réduite : . Il présente sur sa face inférieure des petites racines, appelée rhizoïdes servant à absorber les éléments nutritifs de l'eau et à la fixation. Le prothalle ne différencie aucun tissu conducteur. Le prothalle porte aussi les organes sexuels mâles (anthéridies) et/ou femelles (archégones). Les anthérozoïdes provenant des anthéridies (équivalents des spermatozoïdes chez les végétaux) profitent d'une pellicule d'eau pour s'introduire dans l'archégone où est fécondé l'oosphère (équivalent végétal de l'ovule). Par la suite se développe un embryon qui donne la partie visible de la plante. Plus spécifiquement, le prothalle est le gamétophyte (porteur de gamètes haploïdes, mâles et/ou femelles) et la plante visible est le sporophyte (diploïde, issu de la fécondation, mais lui-même asexué, qui se développe et devient, par méiose de son propre génotype, porteur à la fois de spores mâles et femelles). Les organes sexuels mâles et femelles peuvent être portés par : le même prothalle, bisexué, produit par le même gamétophyte qui contient à la fois le gamète mâle (anthérozoïde) et un gamète femelle (oosphère) qui développent des organes sexués séparés par des cellules infécondes sur le même prothalle, on parle d’isoprothallie. Toutefois, le prothalle ne peut lui-même s'autoféconder, et un autre prothalle, lui aussi bisexué, doit lui envoyer son gamète mâle (l'anthérozoïde) par voie aqueuse pour féconder son oosphère.