Flatpak (anciennement xdg-app) est un système de virtualisation d’application pour les distributions GNU/Linux de bureau. Le système de paquets Flatpak fut développé à l'origine pour faciliter le déploiement sécurisé d'applications sur différentes distributions Linux. Le développeur principal du projet est Alexander Larsson. Au départ, le projet s’appelle xdg-app, en référence à freedesktop.org qui est souvent abrégé « xdg », cette structure ayant hébergé sur ses serveurs le projet xdg-app. Le , le projet annonce son changement de nom pour « Flatpak » avec l'appui de Red Hat, Endless Computers et Collabora. Lors de cette annonce, un certain nombre de projets proposent leur logiciel dans ce format comme LibreOffice, GIMP, InkScape et une large partie des logiciels de l'environnement GNOME. La version 0.8.0 de Flatpak est la première à bénéficier d'une prise en charge à long terme ; elle a été intégrée dans Debian 9 Stretch et RHEL 7. En est lancé Flathub, un magasin d'applications qui permet de facilement trouver et installer un paquet Flatpak. centré|vignette|Page d’accueil de Flathub Le sort la version 1.0, cette sortie marque le passage en version stable du logiciel. Au même moment, les mainteneurs du magasin Flathub retirent la mention Bêta de leur référentiel. Endless OS 3.2.5 est la première distribution à intégrer Flatpak avec le magasin Flathub configuré par défaut, rapidement suivi par Linux Mint 18.3 Cinnamon. L'objectif est de fournir un environnement « bac à sable » (sandbox) sûr, isolé du reste du système, dans lequel les utilisateurs peuvent exécuter des applications non validées par les dépôts de la distribution (des versions de test, par exemple). Les applications utilisent des appels de fonctions spécifiques fournies par Flatpak pour contrôler les périphériques matériels ou accéder aux fichiers de l'utilisateur, et Flatpak demande à l'utilisateur sa permission avant d'y donner accès. Le second objectif est de permettre l’installation des paquets Flatpak sur n'importe quelle distribution, les développeurs n'ont plus besoin d'emballer leur application pour chaque distribution GNU/Linux.