Bt cotton is a genetically modified pest resistant plant cotton variety that produces an insecticide to combat bollworm. Strains of the bacterium Bacillus thuringiensis produce over 200 different Bt toxins, each harmful to different insects. Most notably, Bt toxins are insecticidal to the larvae of moths and butterflies, beetles, cotton bollworms and flies but are harmless to other forms of life. The gene coding for Bt toxin has been inserted into cotton as a transgene, causing it to produce this natural insecticide in its tissues. In many regions, the main pests in commercial cotton are lepidopteran larvae, which are killed by the Bt protein in the genetically modified cotton they eat. This eliminates the need to use large amounts of broad-spectrum insecticides to kill lepidopteran pests (some of which have developed pyrethroid resistance). This spares natural insect predators in the farm ecology and further contributes to noninsecticide pest management. Bt cotton is ineffective against many cotton pests such as plant bugs, stink bugs, and aphids; depending on circumstances it may be desirable to use insecticides in prevention. A 2006 study done by Cornell researchers, the Center for Chinese Agricultural Policy and the Chinese Academy of Science on Bt cotton farming in China found that after seven years these secondary pests that were normally controlled by pesticide had increased, necessitating the use of pesticides at similar levels to non-Bt cotton and causing less profit for farmers because of the extra expense of GM seeds. Bt cotton was created through the addition of genes encoding toxin crystals in the Cry group of endotoxin. When insects attack and eat the cotton plant the Cry toxins or crystal protein are dissolved due to the high pH level of the insect's stomach. The dissolved and activated Cry molecules bond to cadherin-like proteins on cells comprising the brush border molecules. The epithelium of the brush border membranes separates the body cavity from the gut while allowing access to nutrients.

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