COVID-19 | EPFL Graph Search

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a contagious disease caused by the virus SARS-CoV-2. The first known case was identified in Wuhan, China, in December 2019. The disease quickly spread worldwide, resulting in the COVID-19 pandemic. The symptoms of COVID‑19 are variable but often include fever, cough, headache, fatigue, breathing difficulties, loss of smell, and loss of taste. Symptoms may begin one to fourteen days after exposure to the virus. At least a third of people who are infected do not develop noticeable symptoms. Of those who develop symptoms noticeable enough to be classified as patients, most (81%) develop mild to moderate symptoms (up to mild pneumonia), while 14% develop severe symptoms (dyspnea, hypoxia, or more than 50% lung involvement on imaging), and 5% develop critical symptoms (respiratory failure, shock, or multiorgan dysfunction). Older people are at a higher risk of developing severe symptoms. Some people continue to experience a range of effects (long COVI

Global convergence of COVID-19 basic reproduction number and estimation from early-time SIR dynamics

Gabriel George Katul

The SIR (‘susceptible-infectious-recovered’) formulation is used to uncover the generic spread mechanisms observed by COVID-19 dynamics globally, especially in the early phases of infectious spread. During this early period, potential controls were not effectively put in place or enforced in many countries. Hence, the early phases of COVID-19 spread in countries where controls were weak offer a unique perspective on the ensemble-behavior of COVID-19 basic reproduction number Ro inferred from SIR formulation. The work here shows that there is global convergence (i.e., across many nations) to an uncontrolled Ro = 4.5 that describes the early time spread of COVID-19. This value is in agreement with independent estimates from other sources reviewed here and adds to the growing consensus that the early estimate of Ro = 2.2 adopted by the World Health Organization is low. A reconciliation between power-law and exponential growth predictions is also featured within the confines of the SIR formulation. The effects of testing ramp-up and the role of ‘super-spreaders’ on the inference of Ro are analyzed using idealized scenarios. Implications for evaluating potential control strategies from this uncontrolled Ro are briefly discussed in the context of the maximum possible infected fraction of the population (needed to assess health care capacity) and mortality (especially in the USA given diverging projections). Model results indicate that if intervention measures still result in Ro > 2.7 within 44 days after first infection, intervention is unlikely to be effective in general for COVID-19.

2020

Host genomics of SARS-CoV-2 infection

Jacques Fellay, Christian Axel Wandall Thorball

SARS-CoV-2 infected a large fraction of humans in the past 2 years. The clinical presentation of acute infection varies greatly between individuals, ranging from asymptomatic or mild to life-threatening COVID-19 pneumonia with multi-organ complications. Demographic and comorbid factors explain part of this variability, yet it became clear early in the pandemic that human genetic variation also plays a role in the stark differences observed amongst SARS-CoV-2 infected individuals. Using tools and approaches successfully developed for human genomic studies in the previous decade, large international collaborations embarked in the exploration of the genetic determinants of multiple outcomes of SARS-CoV-2 infection, with a special emphasis on disease severity. Genome-wide association studies identified multiple common genetic variants associated with COVID-19 pneumonia, most of which in regions encoding genes with known or suspected immune function. However, the downstream, functional work required to understand the precise causal variants at each locus has only begun. The interrogation of rare genetic variants using targeted, exome, or genome sequencing approaches has shown that defects in genes involved in type I interferon response explain some of the most severe cases. By highlighting genes and pathways involved in SARS-CoV-2 pathogenesis and host-virus interactions, human genomic studies not only revealed novel preventive and therapeutic targets, but also paved the way for more individualized disease management.

SPRINGERNATURE2022

La Covid-19, accélératrice et amplificatrice des fractures numériques

Jean-François Lucas

Le 17 mars 2020, le gouvernement français déclara l’interdiction de déplacement en France, soit le confinement de sa population, en réponse à l’épidémie de COVID-19. À la suite de cette annonce, une grande majorité des Français a basculé en quelques heures, et jusqu’au 11 mai 2020, dans une société où le numérique était l’unique moyen par lequel il a été possible de maintenir des liens sociaux avec des proches, de s’éduquer, de travailler, de se divertir, etc. Cette période a levé le voile sur des inégalités au sein de la population française quant à l’accès au réseau internet, aux équipements informatiques ainsi que des disparités dans les usages et les savoir-faire. Ainsi, tous les écoliers n’ont pas bénéficié des mêmes conditions pour suivre des cours à distance, à cause d’un non-accès à internet ou d’une mauvaise connexion à celui-ci, d’un manque d’équipement ou de compétences pour utiliser les outils de visioconférence et autres espaces connectés en ligne. De nombreuses personnes ont également été démunies face à l’obligation de réaliser des démarches en ligne : consultation médicale, commande de biens de première nécessité, obligation, comme ce fut le cas dans certaines villes, de s’inscrire sur internet pour pouvoir retirer gratuitement des masques en pharmacie… Qu’il existe des différences dans l’accès, l’équipement ou encore les compétences relatives au numérique qui sont source d’inégalités est un fait renseigné et connu depuis une vingtaine d’années par tous ceux qui s’intéressent à la « fracture numérique ». Mais la période de confinement, et la crise sanitaire, sociale et économique que nous vivons n’a fait qu’accélérer la place du numérique dans notre société et amplifier les risques d’exclusion lui étant liés, rendant, de fait, la problématique de l’inclusion numérique plus actuelle que jamais. Dans ce texte, nous nous intéressons aux manières dont l’épidémie de COVID-19 a réactivé voire amplifié des inégalités sociales liées aux inégalités du numérique, en France notamment. Nous proposons également quelques pistes d’action, qu’elles soient de notre propre fait ou issues de divers rapports ou recommandations d’experts, pour limiter les inégalités numériques, donc les exclusions sociales et économiques qu’elles engendrent ou renforcent.

2020

La Covid-19, accélératrice et amplificatrice des fractures numériques

Jean-François Lucas

2020