En phylogénétique, un caractère synapomorphique, ou synapomorphie, est un caractère dérivé (ou apomorphique), partagé par deux ou plusieurs taxons-frères. Le partage par au moins deux taxons certifie que la dérive du caractère n'est pas simplement contingente, mais est persistante et caractéristique de nouvelles espèces viables.
Une synapomorphie détermine ainsi un groupe monophylétique strict, ou clade, seul type de groupe reconnu par le cladisme. Toutefois tous les descendants peuvent ne pas partager ce caractère, en cas de dérive ultérieure de celui-ci constituant alors une nouvelle apomorphie.
La synapomorphie est une notion plus récente que celle d'homologie, qui a émergé à la suite des travaux récents des phylogénéticiens.
En effet des organes anatomiques homologues sont certes l'expression d'une synapomorphie, mais la synapomorphie ne concerne pas obligatoirement des organes différenciés dont il faut détecter l'homologie : elle peut porter sur des organes parfaitement identiques, voire sur des caractères qui ne sont pas anatomiques (par exemple biochimiques).
Le terme synapomorphie vient du grec ancien , « commun », , « dérivé de » et , « forme ».
thumb|upright=1.2|Illustration de synapomorphie et symplésiomorphie.
Un caractère partagé peut être hérité d'un ancêtre commun (homologie) mais non dérivé (c'est-à-dire n'ayant pas évolué dans une ou plusieurs 'branches' du taxon) : c'est alors une plésiomorphie, qui détermine un groupe paraphylétique — une autre partie de la descendance ayant acquis par ailleurs le caractère dérivé.
Synapomorphie et symplésiomorphie sont ainsi généralement complémentaires, l'une induisant l'autre.
Tous les organismes vivants présentant des caractères synapomorphiques peuvent être regroupés dans un même ensemble : par exemple l'existence de plumes et la transformation des clavicules en une fourchette sont des caractères synapomorphiques des oiseaux.
En revanche, la détention de caractères communs par plusieurs taxons n'est pas une garantie de synapomorphie.
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L’homoplasie est la similitude d’un état de caractère chez différents taxons qui, contrairement à l’homologie, ne provient pas d’un ancêtre commun. Il existe différents types d’homoplasie : la convergence, le parallélisme et la réversion. la convergence : ressemblance apparue indépendamment chez des taxons distants phylogénétiquement. le parallélisme : ressemblance apparue chez des taxons relativement proches. la réversion : un état dérivé d’un caractère revient à un état ancestral (antérieur).
Les monotrèmes (Monotremata) constituent un ordre animal défini par Charles-Lucien Bonaparte en 1838, regroupant des espèces caractérisées par le fait d'être à la fois ovipares et mammifères : ils pondent des œufs mais allaitent leurs petits. Comme les autres mammifères, les monotrèmes ont des poils, allaitent leurs petits et ont un cœur à quatre compartiments ; la mandibule est formée d'un seul os, et il y a trois osselets dans l'oreille. Cependant ils pondent des œufs et possèdent une ceinture scapulaire à quatre os, comme les reptiles.
Les méthodes de maximum de parcimonie, ou plus simplement méthodes de parcimonie ou encore parcimonie de Wagner, sont une méthode statistique non-paramétrique très utilisée, notamment pour l'inférence phylogénétique. Cette méthode permet de construire des arbres de classification hiérarchique après enracinement, lesquels permettent d'obtenir des informations sur la structure de parenté d'un ensemble de taxons. Sous l'hypothèse du maximum de parcimonie, l'arbre phylogénétique « préféré » est celui qui requiert le plus petit nombre de changements évolutifs.
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