Une cellule souche embryonnaire (CSE) est une cellule souche pluripotente issue de la masse cellulaire interne ou de l'épiblaste d’un embryon préimplantatoire au stade de blastocyste. Un embryon humain atteint le stade de blastocyste 4 à 5 jours après la fécondation et consiste en un amas de 50 à 150 cellules (masse cellulaire interne et trophectoderme). L'isolation de la masse cellulaire interne requiert de détruire le blastocyste. Les cellules souches embryonnaires sont une source quasi parfaite pour les greffes et l'ingénierie tissulaire. La capacité d'une cellule souche à générer l'ensemble des cellules du corps en fait un outil clé pour la recherche sur les maladies humaines, notamment génétique, ou pour tester in vitro la toxicologie de médicaments. Cependant, l'isolation de cellules souches embryonnaires pose un questionnement éthique qui nécessite notamment d'établir si un embryon au stade préimplantatoire possède les mêmes droits légaux et moraux qu'un être humain plus développé. À l'inverse, ne pas utiliser ces cellules capables de sauver des vies est-il juste, alors que les embryons préimplantatoires surnuméraires ne seront pas utilisé et donc détruits ? Il n'existe pas de consensus et la législation sur l'obtention et l'utilisation en recherche de ces cellules souches embryonnaires varie selon les pays. Une des alternatives aux cellules souches embryonnaires est d'utiliser des cellules souches pluripotentes induites qui sont générées à partir de cellules différenciées (par exemple, des cellules de peau) et ne présentent donc pas ce même dilemme éthique. Les cellules souches embryonnaires ont été identifiées en 1981 chez la souris par Martin Evans, Kaufman et Martin, et en 1998 chez l’homme par les équipes de James Alexander Thomson, de Joseph Istkovitz-Eldor et de Benjamin Reubinoff. Les cellules souches embryonnaires (CSE) sont isolées in vitro à partir la masse cellulaire interne du blastocyste (embryon au 5 ou chez l’homme).

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