Le canal médullaire est une cavité cylindrique des os longs. Dans les os longs, à mesure que la diaphyse s'épaissit par apposition de couches osseuses successive d'origine périostique, sa partie centrale est le siège de phénomènes de résorption. L'os endochronal disparaît dans la diaphyse, puis le processus de résorption s'étend aux couches les plus profondes de l'os périostique. Ainsi une cavité se forme qui s'étend sur toute la longueur de la diaphyse, c'est le canal médullaire. Le canal médullaire est tapissé de tissu conjonctif, l'endoste. Il contient de la moelle osseuse jaune, des vaisseaux et des nerfs. Il se trouve à l'intérieur de la diaphyse de l'os, et est entouré d'os compact. En longueur, il est délimité par la métaphyse. La clavicule est le seul os long à ne pas posséder de canal médullaire (mais elle peut être considérée comme un os allongé et non long).

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