thumb|Rouille noire (Puccinia graminis) Ug99 est une souche de Puccinia graminis f. sp. tritici, champignon phytopathogène, agent de la rouille noire des céréales, qui est présent dans les cultures de blé de plusieurs pays d'Afrique et du Moyen-Orient et qui risque de se propager rapidement dans ces régions et peut-être au-delà, ce qui pourrait provoquer un désastre dans la production de blé et affecter la sécurité alimentaire dans le monde. Ce pathogène peut provoquer des pertes de rendement allant jusqu'à 100 % et s'est montré virulent contre plusieurs gènes de résistance qui protégeaient le blé contre la rouille noire auparavant. Il existe des variétés de blé résistantes à la souche Ug99, mais un contrôle portant sur de blé utilisées dans 22 pays africains et asiatiques a révélé que seulement 5 à 10 % de la superficie cultivée en blé dans ces pays est composée de variétés ayant une résistance adéquate. La race originelle de la souche Ug99, désigné 'TTKSK' dans le système de nomenclature nord-américain, a été caractérisée initialement en Ouganda en 1999 (d'où le nom Ug99) et a depuis été détectée dans divers pays : Kenya, Éthiopie, Érythrée, Soudan, Yémen, Iran, Ouganda, Tanzanie, Mozambique, Zimbabwe et Afrique du Sud. On connait maintenant huit races de l'Ug99. Elles sont toutes étroitement liées et on pense qu'elles ont évolué à partir d'un ancêtre commun, mais qu'elles diffèrent par leur profil de virulence / avirulence et par les pays dans lesquels elles ont été signalées. La souche Ug99 et ses variantes se distinguent des autres souches de l'agent pathogène de la rouille noire par leur capacité à contourner les gènes de résistance du blé qui ont pourtant été efficaces contre la rouille noire depuis des décennies. Ces gènes de résistance, dont cinquante ont été identifiés, confèrent différents types de résistance à la rouille noire. La virulence en Ouganda est associée au gène Sr31 et est spécifique à la souche Ug99.