L'université nationale principale de San Marcos (en espagnol Universidad Nacional Mayor de San Marcos) (UNMSM) est une université publique située dans la ville de Lima, au Pérou. Au niveau national, étant la première université créée dans le pays, elle est considérée comme l’institution d’enseignement la plus importante, la plus reconnue et la plus représentative. Sur le plan continental, elle est la première officiellement créée par Real Cédula, la plus longtemps en fonctionnement continu depuis sa fondation, et est donc reconnue comme « la plus ancienne université d'Amérique ».
Située à l'origine dans le cloître et le couvent du Rosaire de l'Ordre des Dominicains - actuelle basilique et couvent de Saint-Dominique - jusqu'en 1548, sa fondation officielle a été lancée par Fray Tomás de San Martín et s'est achevée le avec le décret de l'empereur Charles d'Espagne et du Saint Empire romain germanique, en 1571, acquiert le degré de droit pontifical octroyé par le pape Pie V et finit par être nommé « université royale et pontificale de la Cité des rois de Lima ». Reconnue par la Couronne espagnole, la première université d’Amérique officiellement fondée par Real Cédula est appelée « université de Lima » entre 1551 et 1821, à l’époque de la vice-royauté.
À l’époque de l’indépendance, elle joue un rôle de premier plan en illustrant les principaux dirigeants de l’indépendance du Pérou, après la proclamation de l’indépendance et au cours du fondement de la république. Elle maintient de façon familière sa dénomination d'« université de Lima » jusqu’en 1946, date à partir de laquelle son nom actuel et sa dénomination comme université nationale deviennent officiels.
L’université de San Marcos est considérée comme l’institution péruvienne d’enseignement supérieur la plus importante et la plus représentative pour sa « tradition, son prestige, sa qualité et sa sélectivité », également qualifiée et reconnue comme l’un des principaux centres de recherche scientifique et sociale du Pérou.