vignette|droite|upright=1.5|Évolution des vertébrés selon un diagramme axial représentant les cinq grandes classes (poissons, amphibiens, reptiles, oiseaux et mammifères). La largeur des axes indique le nombre de familles dans chaque classe (les téléostéens, poissons à squelette complètement osseux et à nageoires rayonnantes, représentent 99,8 % des espèces de poissons, et près de la moitié des espèces de vertébrés). En classification phylogénétique, seuls les oiseaux et les mammifères sont des groupes monophylétiques (les poissons, amphibiens et reptiles étant des groupes paraphylétiques).
vignette|Reconstitution par Nobu Tamura d'un Procynosuchus, un membre du groupe des cynodontes, qui comprend les ancêtres de mammifères.
vignette|Reconstitution par Nobu Tamura d'un Adelobasileus, genre de proto-mammifères ayant vécu au milieu du Trias supérieur.
Selon la théorie synthétique de l'évolution, l’histoire évolutive des mammifères est passée par plusieurs stades depuis leurs ancêtres dits « reptiles mammaliens », selon un processus graduel d’innovations anatomiques et physiologiques qui a duré approximativement 100 Ma, du milieu du Permien, puis au cours du Trias, et jusqu'au milieu du Jurassique.
D’un point de vue purement cladistique, les mammifères sont alors vus comme les survivants actuels du groupe des synapsides.
Au sein de la paléontologie des vertébrés, une branche particulière est la paléomammalogie : l'étude des mammifères et de leurs ancêtres.
Voici ci-dessous l’arbre phylogénétique très simplifié des mammifères. Nous en verrons ensuite les détails et les incertitudes qui font encore débat.
Contrairement à la plupart des amphibiens, les amniotes ont pu s'affranchir de pondre dans l'eau grâce à l'amnios, un sac qui protège l'embryon de la déshydratation. Les premiers amniotes sont connus dès -312 Ma, c'est-à-dire au milieu du Carbonifère.
En quelques millions d'années, trois branches se sont séparées :
les anapsides représentés aujourd'hui par les tortues
les synapsides, qui incluent actuellement les mammifères ;
les sauropsides représentés aujourd'hui par les lézards, les serpents, les crocodiles et les oiseaux (les seuls survivants des dinosaures).