Le principe d'équivalence en substance ou d'équivalence substantielle (traduction de l'anglais substantial equivalence) est un principe controversé, utilisé depuis les années 1990 dans l'Industrie alimentaire, promu par les industriels pour que les produits alimentaires ultratransformés ou ceux issus des biotechnologies (OGM) soient cadrés par les mêmes règles et législations que les aliments non-transformés. Il présuppose que, si un aliment transformé ou un composé alimentaire est essentiellement (en termes composition chimique et de nutriments) semblable à un aliment ou à un composé alimentaire existant, il peut être traité de la même manière en ce qui concerne la sécurité alimentaire. Ce principe appliqué à un OGM, signifie que si cet OGM est jugé « équivalent en substance » à son équivalent naturel ou issu de l'agriculture conventionnelle ou d'une production biotechnologie, il sera déclaré aussi « sain » que l'autre. Cependant, des objections argumentées ont été faites, notamment quant à sa pertinence éthique et quant à sa validité scientifique, difficilement démontrable pour l'évaluation des risques ; selon ses détracteurs, entre autres défauts, il présuppose, sans preuve, que l'équivalence en substance implique une équivalence nutritionnelle ; et il ne compare que la composition chimique de deux aliments alors que les effets de matrices biologiques ou les interactions entre protéines et d'autres molécules ont des effets également très importants en termes de nutrition et de toxicologie). En 1999, dans le journal Nature, Miller, ancien créateur et directeur (de 1989 à 1993) de l'Office de la Biotechnology à la FDA, et ancien membre du groupe d'experts de l'OCDE sur la sécurité des biotechnologies (de 1984 à 1992) estimait qu'on a usé et abusé de ce concept (qu'il a contribué à introduire à la FDA) et qu'il est injustement décrié.
Patrick Aebischer, Bernard Schneider, Marc Moniatte, Aurélien Lathuilière