La biodiversité agricole, ou agrobiodiversité, à l'instar de la biodiversité, désigne la diversité des espèces, la diversité génétique et celle des écosystèmes associés ou créés par l'agriculture.
C'est un sous-ensemble de la biodiversité générale. Ce sous-ensemble inclut toutes les formes de vie ayant une incidence directe sur les pratiques agricoles, et englobe tout le vivant nécessaire aux systèmes agricoles : plantes, arbres, animaux, insectes, microbes, germes et champignons symbiotes ou associés. Il joue un rôle pivot dans les écosystèmes. Sa diversité promeut de nombreux services écosystémiques (rôle dans les équilibres naturels et semi-naturels qui régulent les ravageurs, l'eau ou la fertilité du sol, permettent la pollinisation des plantes cultivées, limite l’érosion des sols et favorise la production de biomasse utile à l'Homme) sans compromettre les rendements agricoles...
L'accent est souvent mis sur les espèces et variétés de plantes cultivées (cultivars), dont les * plantes sauvages apparentées aux plantes cultivées, ainsi que sur les espèces et races d'animaux d'élevage. Toutefois, la biodiversité agricole englobe également d'autres organismes, dont la microflore, la flore et la faune du sol, les plantes adventices, les ravageurs et prédateurs des cultures, les prédateurs de prédateurs ou encore les champignons mycorhizateurs ou décomposeurs.
Les variétés cultivées peuvent être grossièrement classées entre variétés « modernes » et variétés « traditionnelles » (semences paysannes) ou « fermières » (semences fermières).
Les premières sont le résultat d'un travail de sélection professionnel et sont souvent caractérisées comme variétés à « rendement élevé ». C'est le cas par exemple des variétés de blé ou de riz à paille courte de la Révolution verte.
À l'opposé, les variétés fermières (variétés traditionnelles locales) sont le produit de la sélection réalisée au fil du temps par les paysans eux-mêmes. Toutes ces variétés représentent un haut niveau de diversité génétique et sont au centre des actions de conservation des ressources génétiques agricoles.