vignette|Candidose buccale provoquée par le champignon Candida albicans. Le 'microbiote buccal humain' est l'ensemble des micro-organismes présents dans la bouche des êtres humains. L'étude de ces micro-organismes et de leurs interactions (entre eux et avec leur hôte humain) est la microbiologie orale. Qu'il soit normal ou pathologique, il est encore mal connu, car beaucoup de bactéries buccales ne peuvent être cultivées. Il serait selon N.B Arweiler & L Netuschil (2016) , ayant été découvertes par screening. Ce sont principalement ses formes libres (ou ) qui ont été étudiées depuis 100 ans, mais il est surtout constitué de formes coloniales consistant en biofilms organisés. Chaque individu abrite 100 à 200 de ces . Les interactions entre espèces colonisant la bouche, bactéries principalement, sont nombreuses et complexes, ce pourquoi on parle parfois maintenant plutôt d'écologie microbienne buccale. Le microbiote buccal a développé des stratégies de résistance et de perception de son environnement, lui permettant dans une grande mesure de se soustraire au système immunitaire, voire de modifier certaines caractéristiques de l'hôte au profit du microbe (la carie dentaire en est un exemple). thumb|upright=1.4|Le microbiote buccal du bébé s'enrichit à partir de la naissance, et va encore évoluer avec l'apparition des dents qui vont accueillir de nouvelles espèces bactériennes Il est plus ou moins diversifié selon l'âge et les individus. Il contribue à l'odeur de l'haleine et a des effets systémiques sur la santé et même sur les capacités intellectuelles. Ce patrimoine microbiotique est en partie acquis de la mère et du père à la naissance ou dans la prime-enfance. Il pourrait être positivement ou négativement modifié par le brossage des dents, les soins dentaires, l'alimentation (sucre en particulier), l'ingestion de produits antibiotiques (alcool, antibiotiques naturels, certains médicaments, eau chlorée...) avec des conséquences encore mal comprises qui peuvent contribuer à l'apparition de phénomènes de résistance microbienne aux antibiotiques.

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