Le National Center for Biotechnology Information (NCBI, en français littéralement « Centre américain pour les informations biotechnologiques ») est un institut national américain pour l'information biologique moléculaire.
Cet organisme, fondé en 1988 et situé à Bethesda dans le Maryland, fait partie de la Bibliothèque américaine de médecine, un des Instituts américains de la santé.
Le NCBI conduit des recherches dans la biologie informatique, développe des logiciels pour analyser des données de génome et fournir des informations biomédicales.
Le NCBI n'est pas une base de données, mais il développe aussi des bases de données publiques telles que :
GenBank ;
dbSNP ;
RefSeq ;
PubMed.
Il est en quelque sorte le pendant américain de l’Institut européen de bio-informatique (EBI).
Le NCBI propose et contient une base de données NCBI taxonomy qui n'est qu'indicative. Le site internet du NCBI précise que cette base n'est pas une source fiable pour la nomenclature ou de classification, et qu'il faut consulter la littérature scientifique pertinente pour les informations les plus fiables. La taxonomie du NCBI représente environ 10 % des espèces vivantes de la planète. Cette taxonomie est une classification curée et se propose comme une nomenclature organisée pour les séquences d'organismes dans des bases de données publiques. Le TaxID (identifiant unique dans la taxonomie du NCBI) sert de lien entre les trois bases de données du International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC, « Collaboration internationale en bases de données de séquences nucléotidiques ») dont sont membres la DNA Data Bank of Japan (DDBJ), le NCBI (États-Unis) et l'Institut européen de bio-informatique (EMBL-EBI, Europe).
Entrez, le système global de recherches inter-bases de données du NCBI.
BLAST, un logiciel du NCBI, permettant la comparaison de séquences de nucléotides et de protéines.
La liste des pages Wikipédia décrivant un taxon utilisant une référence au NCBI.
Site officiel
Sa base de données taxonomique
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In systems biology, proteomics represents an essential pillar. The understanding of protein function and regulation provides key information to decipher the complexity of living systems. Proteomic tec
Un gène, du grec ancien (« génération, naissance, origine »), est, en biologie, une séquence discrète et héritable de nucléotides dont l'expression affecte les caractères d'un organisme. L'ensemble des gènes et du matériel non codant d'un organisme constitue son génome. Un gène possède donc une position donnée dans le génome d'une espèce, on parle de locus génique. La séquence est généralement formée par des désoxyribonucléotides, et est donc une séquence d'ADN (par des ribonucléotides formant de l'ARN dans le cas de certains virus), au sein d'un chromosome.
L'expression des gènes, encore appelée expression génique ou expression génétique, désigne l'ensemble des processus biochimiques par lesquels l'information héréditaire stockée dans un gène est lue pour aboutir à la fabrication de molécules qui auront un rôle actif dans le fonctionnement cellulaire, comme les protéines ou les ARN. Même si toutes les cellules d'un organisme partagent le même génome, certains gènes ne sont exprimés que dans certaines cellules, à certaines périodes de la vie de l'organisme ou sous certaines conditions.
Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes. On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale.
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Proteins are foundational biomolecules of life playing a crucial role in a myriad of biological processes. Their function often requires interplay with other biomolecules, including proteins themselves. Protein-protein interactions (PPIs) are essential for ...
In the beginning was the metabolism. The biochemical processes that make life possible transformed the soup of chemicals into the life on Earth we know today. Since then, living organisms have evolved, and life on Earth has become more complex. Living orga ...
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