Concept
Phylogénétique moléculaire
Concepts associés (17)
Classification phylogénétique
La classification phylogénétique ou classification cladistique est une forme de classification des êtres vivants qui repose sur leur phylogénie. Elle prend son origine dans les travaux d'une école de taxonomie dite systématique phylogénétique ou systématique cladistique ou cladisme. Cette approche a pour objectif de rendre compte des relations de parenté entre les taxons, s’agissant seulement de l'apparentement, c'est-à-dire des relations de groupes frères et non des relations généalogiques d'ancêtres à descendants, entre des groupes d'organismes quel que soit leur rang taxonomique.
Maximum de parcimonie
Les méthodes de maximum de parcimonie, ou plus simplement méthodes de parcimonie ou encore parcimonie de Wagner, sont une méthode statistique non-paramétrique très utilisée, notamment pour l'inférence phylogénétique. Cette méthode permet de construire des arbres de classification hiérarchique après enracinement, lesquels permettent d'obtenir des informations sur la structure de parenté d'un ensemble de taxons. Sous l'hypothèse du maximum de parcimonie, l'arbre phylogénétique « préféré » est celui qui requiert le plus petit nombre de changements évolutifs.
Rodentia
Les rongeurs ou Rodentiens (Rodentia) sont un ordre de mammifères placentaires (le plus grand ordre de mammifères, regroupant plus de ). Ces animaux se caractérisent par leur unique paire d'incisives à croissance continue sur chacune de leurs mâchoires (ce qui les distingue des Lagomorphes), qui leur servent à ronger leur nourriture, à creuser des galeries ou à se défendre. Le reste de leur morphologie est relativement variable, mais la majorité des espèces sont de petite taille, avec un corps trapu, des pattes courtes et une longue queue.
Multiple sequence alignment
Multiple sequence alignment (MSA) may refer to the process or the result of sequence alignment of three or more biological sequences, generally protein, DNA, or RNA. In many cases, the input set of query sequences are assumed to have an evolutionary relationship by which they share a linkage and are descended from a common ancestor. From the resulting MSA, sequence homology can be inferred and phylogenetic analysis can be conducted to assess the sequences' shared evolutionary origins.
Cladistique
vignette|300x300px|Cladogramme représentant les relations de degré de parenté entre taxons représentant les archées, les eucaryotes et les procaryotes. La cladistique (ou systématique phylogénétique) est la théorie des clades et des cladogrammes (du grec ancien , « branche »), et de la reconstruction des relations de parenté entre les êtres vivants. Un clade (groupe monophylétique) est un groupe dont tous les membres sont plus apparentés entre eux qu'avec n'importe quel autre groupe, et un cladogramme (arbre phylogénétique) est une hiérarchie de clades.
Clade
right|thumb|334 px|Cladogramme fictif avec, en rouge et en bleu, des clades (ou groupes monophylétiques) basés uniquement sur des critères phylogénétiques. En vert, au centre, un grade paraphylétique (ou groupe paraphylétique), réuni sur d'autres considérations. Un clade (du grec ancien : , « branche »), aussi appelé groupe monophylétique, est un groupe d'organismes, vivants ou ayant vécu, comprenant un organisme particulier et la totalité de ses descendants. Le clade est l’unité de base de la classification phylogénétique (voir aussi cladistique).
Barcoding moléculaire
vignette|400px|Principes du barcoding de l'ADN Le barcoding moléculaire, DNA barcoding, parfois francisé en codage à barres de l'ADN, est une technique de catalogage et d'identification moléculaire permettant la caractérisation génétique d'un individu ou d'un échantillon d'individu à partir d'une courte séquence d'ADN (marqueur distinctif) choisie en fonction du groupe étudié. À la fin des années 2010, des séquenceurs d'ADN rapides, portables et bon marché apparaissent sur le marché permettant par exemple de travailler en pleine mer ou en pleine jungle où des millions d'espèces sont encore à identifier.