Djouba (Juba) est la capitale du Soudan du Sud, ainsi que celle de l'Équatoria-Central et du comté de Djouba. Elle est située sur la rive gauche du Nil Blanc à environ au nord de la frontière avec l'Ouganda.
L'arrivée des Européens dans la région remonte à la fin du , lorsqu'un poste de commerce, accompagné d'une mission des missionnaires comboniens italiens s'installèrent dans les environs de Gondokoro à dix kilomètres en aval de Djouba. Cet avant-poste qui se trouvait au sud de la garnison turque, n'était soutenu que par une poignée de soldats, essentiellement en raison du paludisme et la fièvre bilieuse qui sévissait alors dans la région. D'abord sous administration britannique à partir de 1870 au sein d'Équatoria, et ce jusqu'au départ d'Emin Pacha, la localité et ses environs passent sous l'administration de Léopold II de Belgique en 1894, en tant que partie de l'enclave de Lado. En 1910, l'enclave devient partie du territoire du Soudan anglo-égyptien.
En 1922, un petit nombre de commerçants grecs arrivèrent dans la région de Djouba et s'établirent sur la rive ouest du Nil Blanc. Ces derniers qui avaient d'excellentes relations avec la tribu indigène de Djouba (les Baris), construisirent ce qu'on appelle aujourd'hui le « quartier des affaires ». Les bâtiments qui abritent aujourd'hui la Buffalo Commercial Bank, la Nile Commercial Bank, le Paradise Hotel, la résidence du consul de Norvège notamment, ont été à l'origine construits par ces commerçants et étaient les seules structures permanentes se trouvant à Djouba jusqu'au début des années 1940.
En 1947, elle fut la ville hôte de la Conférence de Djouba, durant laquelle les Soudanais du nord et du sud, décidèrent de conserver un État unique.
En réalité, durant ces tractations, les Britanniques espéraient détacher le Soudan du Sud pour le réunir à l'Ouganda, ce qui se révèlera un échec. En 1955, une mutinerie de soldats sudistes éclata dans la région à Torit : ce fut l'élément déclencheur de la première Guerre civile soudanaise qui ne prit fin qu'en 1972.