Engrailed est une protéine animale facteur de transcription. Le gène qui produit cette protéine est ce qu’on appelle un « gène de polarité segmentaire », c’est-à-dire qu’il permet de définir les cellules antéro-postérieures lors de la segmentation. Engrailed est exprimé dans la partie postérieure des segments lors du développement embryonnaire. Ce gène est essentiel chez de nombreux animaux, pour la segmentation, pour la neurogenèse, pour le développement des appendices ou pour une combinaison de ces éléments. Il est en fait essentiel pour obtenir l’axe antéro-postérieur du corps embryonnaire d’un animal. Engrailed, les gènes Hox et plusieurs autres sont essentiels au bon développement de cet axe antéro-postérieur. Engrailed est présent chez les annélides, les arthropodes, les mollusques, les échinodermes et les chordés. Cet homéogène est donc très important en biologie évolutive du développement étant donné son rôle au stade embryonnaire. Ce gène a d’abord été découvert chez la drosophile (Drosophila melanogaster). Christiane Nüsslein-Volhard et Eric F. Wieschaus furent dans les premiers à décrire son rôle dans la segmentation de ces mouches. Après la découverte de ce gène et de son rôle dans la segmentation, plusieurs chercheurs ont continué les recherches sur cet homéogène et ont émis des hypothèses sur son rôle originel dans les organismes, c’est-à-dire son rôle chez les ancêtres des animaux d’aujourd’hui. Certains chercheurs pensent que ce gène serait à l’origine responsable du développement du système nerveux, c’est-à-dire de la neurogenèse. D’autres pensent plutôt qu’il aurait d’abord permis la segmentation. Cette dernière hypothèse est plus controversée, puisque plusieurs recherches montrent qu’engrailed ne sert pas à la segmentation de plusieurs animaux. Ce qui est certain c’est que l’étude d’engrailed et de wingless, un autre gène relié à la segmentation, a permis d’en savoir plus sur les ancêtres des ecdysozoaires et des lophotrochozoaires, qui devaient probablement être segmentés.