Shewanella oneidensis est une bactérie anaérobie facultative capable aussi bien de réduire des ions de métaux lourds toxiques que de réduire l'oxygène. Cette protéobactérie a été isolée pour la première fois à partir du lac Oneida (État de New York) en 1988, d'où son nom. Cette espèce est nommée Shewanella oneidensis MR-1, pour « réductrice de manganèse » en anglais, qui est une des caractéristiques de cet organisme. Shewanella oneidensis est particulièrement étudiée comme micro-organisme à réduction dissimilatrice de métaux pour son métabolisme anaérobie dans les milieux contaminés par des métaux et des métaux lourds comme le fer, le plomb et l'uranium. Des recherches laissent penser qu'elle pourrait réduire les ions de mercure Hg en mercure élémentaire Hg et les ions d'argent Ag en argent élémentaire Ag. La respiration cellulaire de ces bactéries ne se limite cependant pas aux métaux lourds et peut également utiliser des thiosulfates , des nitrates et des chromates comme accepteurs d'électrons en milieu anaérobie. S. oneidensis MR-1 appartient à une classe de bactéries dénommée les "bactéries réductrices de métaux par dissimilation" (DMRB en anglais), de par leur capacité à coupler la réduction des métaux avec leur métabolisme. Les moyens utilisés pour réduire les métaux sont sujets à débat, de par le fait que les expériences récentes ayant utilisé la Microscopie Électronique à Balayage et la Microscopie Électronique à Transmission ont révélé des protusions structurelles anormales ressemblant à des filaments qui sont supposés être impliqués dans la réduction des métaux. Ce processus de production de filaments externes est complètement absent de la respiration bactérienne conventionnelle et constitue la problématique de recherche de beaucoup d'études en cours. Les mécanismes de résistance de cette bactérie et de son utilisation des ions de métaux lourds est profondément liée à la structure de ses voies métaboliques.

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