Organisme (physiologie)thumb|Les bactéries Escherichia coli sont des organismes unicellulaires. Un organisme (du grec organon, « instrument »), ou organisme vivant, est, en biologie et en écologie, un système vivant complexe, organisé et est le produit de variations successives au cours de l'évolution. Il est constitué d'une ou plusieurs cellules vivantes (on parle alors, respectivement, d'organisme unicellulaire ou pluricellulaire). Les organismes vivants sont classifiés en espèces partageant des caractéristiques génétiques, biologiques et morphologiques communes.
Claderight|thumb|334 px|Cladogramme fictif avec, en rouge et en bleu, des clades (ou groupes monophylétiques) basés uniquement sur des critères phylogénétiques. En vert, au centre, un grade paraphylétique (ou groupe paraphylétique), réuni sur d'autres considérations. Un clade (du grec ancien : , « branche »), aussi appelé groupe monophylétique, est un groupe d'organismes, vivants ou ayant vécu, comprenant un organisme particulier et la totalité de ses descendants. Le clade est l’unité de base de la classification phylogénétique (voir aussi cladistique).
Règne (biologie)vignette|Principaux rangs taxinomiques. Le règne (du latin « regnum », au pluriel « regna ») est, dans la taxonomie de Carl von Linné (qui classe la biodiversité en fonction des caractères communs partagés), le plus haut niveau de classification des êtres vivants. Dans les classifications les plus récentes, le règne n'est plus que le deuxième niveau de classification, après le domaine ou l'empire. Chaque règne est divisé en embranchements (ou parfois divisions, en botanique), que l'on nomme également phylum en latin comme en anglais.
Parakaryon myojinensisParakaryon est un genre d'organismes cellulaires. Le taxon n'a pu être attribué à un domaine et est donc classé parmi les Cytota incertae sedis. Il s'agit d'organismes partageant des caractéristiques de cellules procaryotes et eucaryotes. Si aucune affinité plus forte n'est trouvée, un nouveau nom de domaine pourrait être créer pour classer le genre : Parakaryota. L'espèce type, Parakaryon myojinensis, a été trouvée à 1240 m de profondeur au niveau de la source hydrothermale de Myōjin Knoll au large du Japon.
Taxonomievignette|350px|La classification classique du vivant classe les êtres vivants selon une hiérarchie de groupes de plus en plus vastes. La taxonomie ou taxinomie est une branche des sciences naturelles qui a pour objet l'étude de la diversité du monde vivant. Cette activité consiste à décrire et circonscrire en termes d'espèces les organismes vivants et à les organiser en catégories hiérarchisées appelées taxons. Elle doit proposer des outils et des méthodes permettant de les identifier (notamment grâce aux clés de détermination).
Arbre phylogénétiquevignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Eocyte hypothesisThe eocyte hypothesis in evolutionary biology proposes that the eukaryotes originated from a group of prokaryotes called eocytes (later classified as Thermoproteota, a group of archaea). After his team at the University of California, Los Angeles discovered eocytes in 1984, James A. Lake formulated the hypothesis as "eocyte tree" that proposed eukaryotes as part of archaea. Lake hypothesised the tree of life as having only two primary branches: Parkaryoates that include Bacteria and Archaea, and karyotes that comprise Eukaryotes and eocytes.
Bacterial taxonomyBacterial taxonomy is subfield of taxonomy devoted to the classification of bacteria specimens into taxonomic ranks. In the scientific classification established by Carl Linnaeus, each species is assigned to a genus resulting in a two-part name. This name denotes the two lowest levels in a hierarchy of ranks, increasingly larger groupings of species based on common traits. Of these ranks, domains are the most general level of categorization. Presently, scientists classify all life into just three domains, Eukaryotes, Bacteria and Archaea.
SpirochaeteA spirochaete (ˈspaɪroʊ-ˌkiːt) or spirochete is a member of the phylum Spirochaetota (-ˈkiːtiːz), (synonym Spirochaetes) which contains distinctive diderm (double-membrane) gram-negative bacteria, most of which have long, helically coiled (corkscrew-shaped or spiraled, hence the name) cells. Spirochaetes are chemoheterotrophic in nature, with lengths between 3 and 500 μm and diameters around 0.09 to at least 3 μm. Spirochaetes are distinguished from other bacterial phyla by the location of their flagella, called endoflagella which are sometimes called axial filaments.