thumb|350px|Les principaux organites d'une cellule. Les lysosomes sont légendés en haut à gauche
thumb|350px|Schéma d'une cellule type. Composants
(1) Nucléole
(2) Noyau
(3) Ribosomes
(4) Vésicule
(5) Réticulum endoplasmique rugueux (ou granuleux) (REG)
(6) Appareil de Golgi
(7) Cytosquelette
(8) Réticulum endoplasmique lisse
(9) Mitochondries
(10) Vacuole
(11) Cytosol
(12) Lysosome
(13) Centrosome (constitué de deux centrioles)
(14) Membrane plasmique
Les lysosomes sont des organites cellulaires de 0,2 à 0,5 micron présents dans le cytosol de toutes les cellules eucaryotes, animales, à l'exception des érythrocytes (« globules rouges »). Ils ont pour fonction d'effectuer la digestion intracellulaire (ou extracellulaire via exocytose dans le cas des chondroblastes, ostéoclastes et macrophages) grâce à une quarantaine d'enzymes, dont des lipases, des peptidases, des nucléases, des glycosidases, des phosphatases et des sulfatases.
La membrane lysosomale contient des protéines de transport (perméases), des pompes à protons pour l'hydronium (protons H+) et des canaux ioniques spécifiques aux ions chlorures Cl−. Ces pompes à protons et ces canaux ioniques permettent le maintien à l'intérieur des lysosomes d'un pH compris entre 4,5 et 5, indispensable au fonctionnement des hydrolases acides qu'ils contiennent. Les lysosomes sont formés dans l'appareil de Golgi ou le réticulum endoplasmique.
Christian de Duve, en 1949, distinguait les lysosomes primaires n'ayant pas encore rencontré de matériel à digérer, et les lysosomes secondaires. Cependant, cette classification est à présent obsolète.
Actuellement la distinction porte sur la source du matériel digéré. Trois voies sont ainsi considérées :
des produits d'endocytose, contenus dans des endosomes fusionnent avec les vésicules de lysosome, chargées d'hydrolases, pour former les endolysosomes ;
les organites cellulaires détruits s'entourent d'une enveloppe, par fusion de vésicules, provenant peut-être du réticulum endoplasmique.