La guerre civile du Tadjikistan (en tadjik : Ҷанги шаҳрвандии Тоҷикистон, Jangi shahrvandii Tojikiston) est un conflit politique, ethnique et séparatiste qui s'est déroulé de à , opposant le aux , dans l'atmosphère politique, économique et sociale qui suit la dislocation de l'URSS. vignette|gauche|Localisation du Tadjikistan Le , le président Rakhmon Nabiyev fait armer des milices de l'ethnie Kouliabi, pro-communistes, qui multiplient rapidement les affrontements avec les milices de l'ethnie Pamiri, plutôt islamistes. Avec le soutien de la Communauté des États indépendants et des ethnies Leninabadi et Hissari, le camp communiste s'oppose à une coalition de démocrates (Centre de coordination des forces démocratiques, Parti démocratique du Tadjikistan), de nationalistes (Rastokhez), de séparatistes (Lal-i Badakshan) et d'islamistes (Parti de la renaissance islamique du Tadjikistan), principalement constituée de membres des ethnies Gharmi et Pamiri, formant l'Opposition tadjike unie. Ayant repoussé les vers le nord de l'Afghanistan, le camp communiste, pro-gouvernemental, se livre à une épuration ethnique contre les ethnies Gharmi et Pamiri selon Human Rights Watch. Cette campagne se serait concentrée dans les zones sud de la capitale, mais aussi à Qurghonteppa, et aurait résulté en des massacres, des incendies de villages, et l'expulsion de la population Pamiri et Garmi vers l'Afghanistan. Des dizaines de milliers de civils ont été tués ou ont fui en Afghanistan. Les forment un gouvernement en exil à Taloqan et fondent le Mouvement pour la renaissance islamique du Tadjikistan, mêlant guérilla tant de l'intérieur du Tadjikistan que depuis l'Afghanistan, soutenu par l'État islamique d'Afghanistan et les Talibans, ces derniers ayant permis le réarmement de l'opposition. En , l'Armée tadjike tente d'intervenir dans la région du Gorno-Badakhshan tenue par des Pamiris ismaéliens, partisans de leur autonomie. En 1994, une mission de maintien de la paix de l'ONU débute afin de mettre fin au conflit.