Eutrophisationthumb|upright=1.6|Les fertilisants utilisés pour les cultures (phosphore et azote) dopent la croissance des plantes et des algues dans le ru jouxtant le champ cultivé. En France et en Europe, la mise en place de zones-tampons est obligatoire le long des cours d'eau et des lacs. L'eutrophisation (du grec ancien : , « bien », et de , « nourriture ») est le processus par lequel des nutriments s'accumulent dans un milieu ou un habitat (terrestre ou aquatique).
Estuairethumb|Vue aérienne de l'estuaire de l'Elbe. Un estuaire est la portion de l'embouchure d'un fleuve où l'effet de la mer ou de l'océan dans lequel il se jette est perceptible. Pour certains, il correspond à toute la portion du fleuve - semi close - où l'eau est salée ou saumâtre ; pour d’autres, c'est la présence de l’effet dynamique de la marée sur les eaux fluviales qui le définit ou encore un assemblage faunistique ou écologique typiquement "estuarien".
Service écosystémiqueLes écosystèmes procurent de nombreux services dits services écologiques ou services écosystémiques. Certains étant vitaux pour de nombreuses espèces ou groupes d'espèces (comme la pollinisation), ils sont généralement classés comme bien commun et/ou bien public. Les notions d'évaluation (économique et parfois marchande) de la biodiversité et des services fournis par les écosystèmes, basées sur une vision anthropocentrée de la nature, ont émergé dans les années 1970-1990 avec notamment les travaux de Westman (1977), puis de Randall (1988), Pearce & Moran en 1994 et de Perrings (1995).
Eau de surfaceLes eaux de surface, également appelées eaux superficielles, sont constituées, par opposition aux eaux souterraines, de l’ensemble des masses d’eau courantes ou stagnantes, douces, saumâtres ou salées qui sont en contact direct avec l’atmosphère. Par conséquent, l'eau de surface est l'eau qui se trouve à la surface ou proche de la surface du sol. Il s'agit pour l'essentiel des cours d'eau, des océans, des mers, des lacs et des eaux de ruissellement. Sa température varie en fonction du climat et de ses saisons.
Réseau trophiquevignette|Deux représentations rendant compte du fonctionnement d'un écosystème : pyramide écologique (a) et réseau trophique (b). Un réseau trophique est un ensemble de chaînes alimentaires reliées entre elles au sein d'un écosystème et par lesquelles l'énergie et la biomasse circulent (échanges d'éléments tels que le flux de carbone et d'azote entre les différents niveaux de la chaîne alimentaire, échange de carbone entre les végétaux autotrophes et les hétérotrophes).
Écosystème lentiqueUn écosystème lentique (ou écosystème lénitique) est constitué d'un biotope et des êtres vivants propres aux eaux calmes à renouvellement lent (lacs, marécages, étangs, mares). Au contraire, les milieux d'eaux courantes abritent des écosystèmes lotiques. Les systèmes lentiques prennent des formes très diverses, allant d'une petite flaque temporaire de quelques centimètres de profondeur jusqu'au lac Baïkal dont la profondeur maximale atteint .
Étangvignette|Vue du bassin aux nymphéas avec saule, Claude Monet (1916-1919). vignette|L'étang d'Iloa dans la base de loisirs d'Iloa à Thiers. Un étang (venant du latin stagnum signifiant « stagnant ») est une étendue d'eau stagnante, artificielle ou naturelle, plus grande qu'une mare, située à l'intérieur des terres. La taille de ce qui est considéré comme un étang ou une mare varie d'une région à l'autre. La majorité des étangs sont artificiels et ont été créés à partir du Moyen Âge pour la pisciculture.
Écologie des systèmes lotiquesL'écologie des systèmes lotiques est l'étude des interactions biotiques et abiotiques dans les flux d'eaux courantes continentales. Avec l'écologie des systèmes lentiques, qui concerne les eaux continentales moins dynamiques, comme les lacs ou les étangs, elle forme le champ d'études plus général de l'eau douce ou de l'écologie aquatique. Les milieux lotiques prennent des formes très diverses, allant du ruisseau peu large au grand fleuve de plusieurs kilomètres de large, mais présentent des invariances qui justifient leur étude commune.
Tourbière minérotropheUne tourbière minérotrophe ou fen est un type de zones humides, plus spécifiquement un type de tourbières caractérisé par l'accumulation de tourbe et qui est connecté à des eaux de ruissellement souterraines et/ou de surface. vignette|223x223px| Tourbière minérotrophe dominée par les herbacées Les tourbières correspondent à l'un des deux types de tourbières (fen = minérotrophe et bog = ombrotrophe) lorsqu'on les catégorise selon leur alimentation en eau et éléments minéraux.