Abalone (molecular mechanics)Abalone is a general purpose molecular dynamics and molecular graphics program for simulations of bio-molecules in a periodic boundary conditions in explicit (flexible SPC water model) or in implicit water models. Mainly designed to simulate the protein folding and DNA-ligand complexes in AMBER force field. 3D molecular graphics Automatic Force Field generator for bioelements: H, C, N, O Building and editing chemical structures Library of building blocks Force fields: Assisted Model Building with Energy Re
GROMACSGROMACS is a molecular dynamics package mainly designed for simulations of proteins, lipids, and nucleic acids. It was originally developed in the Biophysical Chemistry department of University of Groningen, and is now maintained by contributors in universities and research centers worldwide. GROMACS is one of the fastest and most popular software packages available, and can run on central processing units (CPUs) and graphics processing units (GPUs). It is free, open-source software released under the GNU General Public License (GPL), and starting with version 4.
Théorie de la fonctionnelle de la densitéLa théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT, sigle pour Density Functional Theory) est une méthode de calcul quantique permettant l'étude de la structure électronique, en principe de manière exacte. Au début du , il s'agit de l'une des méthodes les plus utilisées dans les calculs quantiques aussi bien en physique de la matière condensée qu'en chimie quantique en raison de son application possible à des systèmes de tailles très variées, allant de quelques atomes à plusieurs centaines.
Protein designProtein design is the rational design of new protein molecules to design novel activity, behavior, or purpose, and to advance basic understanding of protein function. Proteins can be designed from scratch (de novo design) or by making calculated variants of a known protein structure and its sequence (termed protein redesign). Rational protein design approaches make protein-sequence predictions that will fold to specific structures.
Chimie quantiqueLa chimie quantique est une branche de la chimie théorique qui applique la mécanique quantique aux systèmes moléculaires pour étudier les processus et les propriétés chimiques. Le comportement électronique et nucléaire des molécules étant responsable des propriétés chimiques, il ne peut être décrit adéquatement qu'à partir de l'équation du mouvement quantique (équation de Schrödinger) et des autres postulats fondamentaux de la mécanique quantique. Cette nécessité a motivé le développement de concepts (notamment orbitale moléculaire.
Relation quantitative structure à activitéUne relation quantitative structure à activité (en anglais : Quantitative structure-activity relationship ou QSAR, parfois désignée sous le nom de relation quantitative structure à propriété - en anglais : quantitative structure-property relationship ou QSPR) est le procédé par lequel une structure chimique est corrélée avec un effet bien déterminé comme l'activité biologique ou la réactivité chimique. Ainsi, l'activité biologique peut être exprimée de manière quantitative, comme pour la concentration de substance nécessaire pour obtenir une certaine réponse biologique.
Q (software)Q is a computer software package for molecular dynamics (MD) simulation (current release: Q6). Unlike other MD codes, it has specialized since its conception (Marelius et al. 1998) on three specific types of free energy calculations. These calculations are based on the methods: empirical valence bond (EVB), free energy perturbation (FEP), and linear interaction energy (LIE), as well as, more recently, also path integral calculations using the bisection quantum classical path (BQCP) approach.
Avogadro (logiciel)Avogadro est un éditeur de molécule multiplateforme extensible (grâce à des plugins) et libre, utilisé pour la chimie numérique, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux et les domaines proches. thumb|250px|Molécule de Loratadine créée avec Avogadro Éditeur de molécules pour Windows, Linux et Mac OS X. Code source disponible sous Licence publique générale GNU. Existe en anglais, chinois, allemand, italien, russe et espagnol. De multiples plugins existent notamment pour le rendu, les outils interactifs et des scripts Python.
ChémoinformatiqueLa chémoinformatique (anglicisme) ou chimio-informatique, est le domaine de la science qui consiste en l'application de l'informatique aux problèmes relatifs à la chimie. Elle a pour objectif de fournir des outils et des méthodes pour l'analyse et le traitement des données issues des différents domaines de la chimie. Elle est notamment utilisée en pharmacologie pour la découverte de nouvelles molécules actives et la prédiction de propriétés à partir de structures moléculaires.
