La Confrontation indonésio-malaisienne (appelée Konfrontasi en indonésien) opposa de 1962 à 1966 la Malaisie, soutenue par les Britanniques, à l'Indonésie sur le statut de la partie Nord de l'île de Bornéo, c'est-à-dire le sultanat du Brunei et les États malaisiens de Sabah et Sarawak. Singapour a fait partie de la fédération de Malaisie de 1963 à 1965.
En 1606, la VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie ou Compagnie néerlandaise des Indes orientales) ouvre un comptoir dans le sultanat malais de Banjarmasin sur la côte Sud de Bornéo. Le déclin de la VOC à la fin du permet une renaissance des réseaux commerciaux asiatiques, musulmans et chinois, favorisant le développement de Banjarmasin.
À la fin des guerres napoléoniennes, les deux puissances européennes présentes en Asie du Sud-Est, l'Angleterre et les Pays-Bas, renouent avec leurs visées expansionnistes. Sous prétexte de lutter contre ce qu'ils qualifient de « pirates malais », les Néerlandais attaquent les sultanats de Bornéo, qui doivent céder des territoires.
Le traité de Londres de 1824, signé entre les Anglais et les Néerlandais, accorde à ces derniers le contrôle des territoires revendiqués par les Européens au sud de Singapour, fondée en 1819 par Thomas Stamford Raffles. Le monde malais se retrouve coupé en deux.
Dans les années 1840 un aventurier anglais, James Brooke, se met au service du sultan du Brunei dans le Nord de Bornéo, objet d'attaques de pirates et de rébellions de populations de l'intérieur. Le sultan nomme Brooke rajah, c'est-à-dire vice-roi du territoire de Sarawak. Les Néerlandais y voient une menace pour leurs propres visées expansionnistes et signent des traités avec les États des côtes ouest, sud et est de Bornéo qui échappent encore à leur contrôle. En 1865, le sultan du Brunei cède en bail le territoire de Sabah dans le nord de l'île à une société privée qui deviendra la North Borneo Chartered Company. Le Brunei devient lui-même protectorat britannique en 1906.
Les Indes néerlandaises proclament leur indépendance en 1945 et prennent le nom de république d'Indonésie.