Les Yaquis ou Yoeme sont des Amérindiens qui étaient, à l’origine, établis dans la vallée du Río Yaqui dans le Nord de l’État mexicain de Sonora et dans le Sud-Ouest de l’Arizona, aux États-Unis. Les Yaquis s’appelaient « Yoeme » entre eux, qui est le terme yaqui pour désigner une personne (« yoemem ou yo’emem signifiant « les personnes »). Les Yaquis appelaient leur pays Hiakim, mot que certains voient comme une origine possible du nom de ce peuple.
Les Yaquis ne faisaient pas partie des civilisations de l'aire culturelle mésoaméricaine, située plus au sud, à laquelle ont notamment participé les célèbres États de Teotihuacan, des Toltèques, des Mayas et des Aztèques, mais de celle définie par Paul Kirchhoff comme l'Aridoamérique.
Leurs terres n’ont jamais été conquises par les Espagnols qui ont toujours perdu les batailles contre eux. Mais ils se sont cependant convertis au christianisme avec les Jésuites qui sont également parvenus à les convaincre de s’établir dans huit villes : Pótam, Vícam, Tórim, Bácum, Cócorit, Huirivis, Belem et Rahum.
Pendant de nombreuses années, les Yaquis vivaient en bons termes avec les missionnaires jésuites. En 1730, le gouvernement colonial espagnol, en faisant évacuer les Jésuites de Sonora, altéra cette relation harmonieuse et déclencha des rébellions yaquis.
Au début du , les Yaquis ne participèrent pas à la guerre d'indépendance du Mexique vis-à-vis de l'Espagne.
Leur peuple subit une suite de répressions brutales de la part des autorités mexicaines, dont un massacre en 1868 à Bacum où 150 Yaquis furent brûlés vivants par l’armée à l’intérieur d’une église.
Un chef yaqui, Cajemé, tenta de gagner leur indépendance. Mais il échoua et cela engendra une suite de répressions sanglantes sous le régime de Porfirio Díaz qui procéda au déplacement des Yaquis hors de Sonora de manière à laisser la place libre pour les immigrants européens et américains. Le gouvernement déplaça des dizaines de milliers de Yaquis dans la péninsule du Yucatán où ils furent vendus comme esclaves dans les plantations.