thumb|Carte topographique des Philippines.
L'histoire des Philippines a commencé avec l'arrivée des premiers humains il y a au moins 709 000 ans, comme le suggère la découverte d'outils en pierre du Pléistocène et de restes d'animaux abattus associés à l'activité d'hominines dans l'île de Luçon, sur le site de Kalinga. Les premiers fossiles d'humains aux Philippines sont ceux d' Homo luzonensis, un humain archaïque, présent il y a au moins 67 000 ans, également dans l'île de Luçon. Les premiers fossiles d'Homme moderne (Homo sapiens) aux Philippines datent de 47 000 ans ; ils ont été découverts à Palawan dans la grotte de Tabon.
Les groupes Negritos sont les premiers habitants des Philippines préhistoriques auxquels les chercheurs attribuent la formation d'États, ou d'établissements présentant divers degrés de spécialisation économique, de stratification sociale et d'organisation politique. A la migration des Negritos vers les îles a succédé celle des groupes d'Austronésiens ; voir Migrations préhistoriques vers les Philippines.
Fernand de Magellan est le premier Européen à visiter l’archipel quand il débarque sur l’île de Homonhon, au sud-est de Samar, le . Avant l’arrivée de Magellan, plusieurs royaumes et sultanats existaient aux Philippines, tels que le royaume bouddhiste de Butuan, les royaumes de Tondo et Maysapan, florissants depuis le , ou les sultanats musulmans de Sulu, Maynila, Maguindanao et Lanao. Ces divers royaumes atteignent une organisation politique et sociale complexe, et commercent avec la Chine, l’Inde, le Japon, la Thaïlande, le Viêt Nam et Java, mais aucun n’arrive à étendre son influence sur l’ensemble de l’archipel actuel des Philippines. Par ailleurs, des populations Barangays demeurent indépendantes dans l’archipel, et sont parfois alliées avec un ou plusieurs des grands royaumes avoisinants.
La colonisation espagnole commence avec l’arrivée de Miguel López de Legazpi en 1565, qui établit la colonie permanente de San Miguel sur l’île de Cebu.