La phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu :
entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ;
entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qui, pour simplifier, peut se résumer à une population dont les membres sont interféconds : niveau intraspécifique) ;
entre espèces (niveau interspécifique).
La phylogenèse permet de reconstituer l'évolution des organismes vivants.
En phylogenèse, on représente couramment les parentés par un arbre phylogénétique. Le nombre de nœuds entre les branches, qui représente autant d'ancêtres communs, indique le degré de parenté entre les individus, les groupes ou les taxons. Plus il y a de nœuds et donc d'ancêtres intermédiaires entre deux êtres vivants, plus leur ancêtre commun est ancien et plus leur parenté actuelle est éloignée.
En phylogenèse interspécifique, un arbre (dendrogramme) est élaboré :
soit par phénétique (phénogramme), la longueur des branches représentant la distance génétique entre taxons ;
soit par cladistique (cladogramme), où l'on place sur les branches les événements évolutifs (états dérivés de caractères homologues) ayant eu lieu dans chaque lignée.
Le terme de phylogénie est créé par Ernst Haeckel dans son ouvrage Natürliche Schöpfungsgeschichte (1868). Il dénomme ainsi l' par opposition à l'histoire de l'évolution individuelle ou ontogénie qu'il considère comme une récapitulation de la première.
La systématique, ou l'étude de la diversité biologique en vue de sa classification, se concentre, à la lumière des découvertes récentes, sur une classification phylogénétique remplaçant à présent la classification classique.
La classification classique établit des groupes ou taxons en fonction d'un simple critère de ressemblance globale.
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This course covers various data analysis approaches associated with applications of DNA sequencing technologies, from genome sequencing to quantifying gene expression, transcription factor binding and
Les constituants biochimiques de l'organisme, protéines, glucides, lipides, à la lumière de l'évolution des concepts et des progrès en biologie moléculaire et génétique, sont étudiés.
vignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
thumb|334px|Dans cet arbre phylogénétique, le groupe des sauropsides, constitué des reptiles, des oiseaux et de leur ancêtre commun, est considéré comme monophylétique. La monophylie (ou plus rarement l'holophylie ou encore la monophylie stricte), du grec μόνος (monos) « seul » et φῦλον (phulon) « tribu », est la caractéristique d'un groupe qui contient l'espèce souche dont descendent tous ses membres. Un groupe monophylétique est appelé aussi un clade.
vignette|300x300px|Cladogramme représentant les relations de degré de parenté entre taxons représentant les archées, les eucaryotes et les procaryotes. La cladistique (ou systématique phylogénétique) est la théorie des clades et des cladogrammes (du grec ancien , « branche »), et de la reconstruction des relations de parenté entre les êtres vivants. Un clade (groupe monophylétique) est un groupe dont tous les membres sont plus apparentés entre eux qu'avec n'importe quel autre groupe, et un cladogramme (arbre phylogénétique) est une hiérarchie de clades.
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Glacier-fed streams are the cold, ultra-oligotrophic, and unstable streams that are fed by glacial meltwater. Despite these extreme conditions, they harbour a diverse and abundant microbial diversity that develops into biofilms, covering the boulders and s ...
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