La quarantaine consiste à isoler des personnes, des animaux, ou des végétaux durant un certain temps, en cas de suspicion de maladies contagieuses, pour empêcher leur propagation.
En empêchant les personnes d'avoir des contacts avec des individus sains se trouvant à l'extérieur de la zone de confinement, on rend la contagion impossible et les maladies infectieuses disparaissent d'elles-mêmes. C'est une mesure-barrière ; l'une des méthodes de prévention et de gestion des risques liés aux maladies infectieuses (épidémie, pandémie notamment).
S'il s'agit de personnes malades « confirmées », on parle plutôt d'isolement ou d'Isolement (soin de santé).
Au figuré le mot désigne aussi la condition d'une personne mise volontairement à l'écart (ostracisme).
Par extension, ce terme est également utilisé dans le domaine de la sécurité informatique.
En 2020, de nombreux pays décident d'appliquer des mesures de mise en quarantaine de leurs populations afin de ralentir la propagation d'une pandémie de maladie à coronavirus, appelée quatorzaine pour une isolation de 2 semaines.
Le mot « quarantaine », attesté en français depuis les années 1180, signifiait « espace de quarante jours » (période du carême). En français, au sens de mesure sanitaire, apparu au , il dérive de l'italien quaranta (nombre quarante) et remonte à 1635.
La quarantaine sanitaire se définit historiquement comme la séparation, la détention et la ségrégation de sujets suspectés de maladies contagieuses.
Le mot désigne ensuite aussi la période de cet isolement de personnes, d'animaux, d'objets ou de marchandises.
En épidémiologie, le mot désigne aujourd'hui une restriction complète de déplacement, provisoirement proposée ou imposée, à des personnes apparemment saines potentiellement exposées à une maladie contagieuse (voire des animaux ou objets suspects d'être contaminants tels que bagages, conteneurs, moyens de transport, marchandises...), alors que le terme isolement concerne plutôt des malades ou porteurs sains avérés (un malade déclaré est isolé, un sujet en période d'incubation possible est mis en quarantaine).