MorphOS est un système d'exploitation créé en 1999 dans le but d'être une évolution de l'AmigaOS, alors en état de développement très faible. Il est principalement destiné aux machines Pegasos à l'origine. Son logo est représenté symboliquement par un papillon bleu (le Morpho bleu). MorphOS est un successeur alternatif de l'AmigaOS Classic (version allant du 1.1 au 3.9) qui était destiné aux machines à base de Motorola 68000, éventuellement accéléré pour les processeurs PowerPC. La nouvelle version du système d'exploitation est destinée au PPC uniquement, et utilisée notamment sur les « Pegasos », eux-mêmes successeurs des machines à processeur 68k. Il n'a pas été développé par Amiga inc. mais se veut 100 % compatible avec les logiciels destinés à AmigaOS. MorphOS est un système d'exploitation qui combine à la fois modularité d'exécution et facilité d'utilisation dans un ensemble de fonctions assez léger. Le chargement complet de la machine s'effectue en quelques secondes. MorphOS mélange des techniques modernes en s'appuyant sur un processeur de génération PowerPC G3, G4 ou G5 tout en conservant des techniques éprouvées issues de l'AmigaOS (comme le multitâche), cela autour de son micro-noyau Quark qui offre par ailleurs des fonctionnalités telles que la protection mémoire et le « ressource tracking ». Ces fonctionnalités, cependant, ne peuvent pas être utilisées par les applications AmigaOS ou les applications MorphOS se servant des anciennes API provenant de la compatibilité avec AmigaOS. MorphOS permet à la fois l'exécution de code natif PowerPC développé pour lui, et l'exécution de code Amiga « classique » 68k (à 80 % de ses capacités mais 10 fois plus vite que sur un Amiga à base de 68060), à condition que celui-ci n'utilise pas les puces natives Amiga (dans ce cas, il faut utiliser l'émulateur Amiga UAE). L'organisation du système d'exploitation rappelle complètement l'Amiga et ses utilisateurs retrouveront assez rapidement leurs marques.