Dans le domaine de la métaphysique, appliqué essentiellement à des disciplines telles que la philosophie ou la théologie chrétienne, le terme hypostase désigne une substance fondamentale, un principe premier.
Avant le néoplatonisme, Eudore d'Alexandrie (fondateur à Alexandrie, vers 40 av. J.-C., du néopythagorisme) posait un principe fondateur, absolument transcendant, et ensuite une paire d'opposés qui en découleraient : la Monade (limite, cause, forme) et la Dyade (illimité, effet, matière), constituant le second Un.
Tandis que la dyade serait l'archétype de la matière, la monade serait celui des Idées. L'une et l'autre s'intègreraient dans le Logos, dont l'action sur la matière réaliserait l'univers. Dans cette succession de l'Un suprême, de l'Un composé (de monade et de dyade), puis du Logos comme unité d'une multiplicité, se manifesterait la présence de « trois dieux ordonnés selon une hiérarchie ». Les premières traces de cette notion triadique sont perceptibles dès les trois premières hypothèses du Parménide de Platon, ainsi que dans la lettre II du pseudo-Platon.
Dans la doctrine néoplatonicienne, l’hypostase est un terme qui désigne un « principe divin ». Le noyau de cette philosophie – dès Plotin lui-même - était une sorte d'ontologie, introduisant dans la divinité unique des hypostases multiples. Plotin admet trois hypostases :
l'Un : absolu, ineffable, qui n'a pas de part à l'être, qui échappe à toute connaissance,
l'Intellect : qui émane de l'Un,
l'Âme, concept pluriel comprenant : l'Âme du monde et l'âme humaine destinée à descendre dans les corps.
De toute évidence, il s'agit là d'un système à la structure ternaire.
On peut considérer que l'hypostase est un transcendantal. De même que l'essence et l'existence. Affirmer cela, c'est poser que tout être sans exception, fût-il purement idéal, possède une hypostase, une essence et une existence. C'est poser, en d'autres termes, que tout être « est » à la fois une hypostase, une essence et une existence.
L'hypostase, c'est le sujet, ce dont on parle, ce qui agit ou qui subit.