La systématique est une discipline des sciences naturelles et de l'histoire naturelle, qui a pour objet d'inventorier tous les organismes vivants, existants ou ayant existé. Pour cela, elle doit :
En faire la description détaillée (anatomie, physiologie, écologie, distribution...) ;
Les nommer sans ambiguïté, au moyen d'un binôme (ou trinôme) latin, en fonction des règles de nomenclature ;
Rassembler les espèces ayant des caractères en commun à l'intérieur d'entités hiérarchisées prédéfinies : genre, famille, ordre, classe, division, règne. De tels groupes sont appelés taxons et la branche de la systématique qui s'occupe de donner ces noms est la taxinomie.
Il s'agit d'une véritable science à l'origine de la botanique, de la zoologie, de la mycologie. Elle est ouverte vers l'avenir, la tâche à accomplir restant immense, avec près d'un quart des espèces de phanérogames restant à découvrir, nommer, décrire, comprendre, et bien davantage encore d'insectes.
Depuis Carl von Linné (1707-1778), le naturaliste suédois fondateur de la systématique moderne, de nouvelles branches ont vu le jour, comme la phylogénie : étude des mécanismes de l'évolution, ou la biosystématique : amélioration, transformation et extension de l'aire des plantes cultivées, conservation de la biodiversité...
La systématique (1° d'emblée, automatiquement, action de faire quelque chose déterminé à l'avance, 2° Science des classifications des êtres vivants) n'est pas synonyme de taxinomie (aussi appelée taxonomie), qui s'attache à décrire et définir les taxons, mais l'un de ses prolongements.
La confusion entre les deux termes vient du fait que les taxinomistes ont de tout temps été également nommés systématiciens car, après avoir étudié et décrit des organismes, ils ont naturellement essayé de les classer à partir du bas niveau des espèces (alpha taxonomy ou « taxinomie primaire »).
Dans la pratique, le terme « systématique » désigne aussi bien la méthode utilisée (on dira par exemple la « systématique phylogénétique ») que le résultat obtenu avec cette méthode (exemple : la « systématique des Agaricales »).