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La dépression endogamique, ou dépression de consanguinité, est la réduction de la valeur sélective d'une population donnée liée à la reproduction entre individus apparentés. La reproduction entre individus étroitement apparentés, ou consanguinité, fait apparaître plus de caractères récessifs délétères. Plus les géniteurs sont apparentés et plus les descendants portent des gènes homozygotes délétères, donnant des individus inaptes. Un autre mécanisme responsable de la réduction de la valeur sélective est la superdominance (en) d'allèles hétérozygotes dans une population à nombreux génotypes homozygotes, même s'ils ne sont pas délétères. Pour le moment, lequel de ces deux mécanismes possède l'effet le plus important sur la dépression endogamique n'a pas encore été déterminé. En général, les populations ayant une forte variation génétique ne souffrent pas de dépression endogamique, qui est souvent le résultat d'un goulot d'étranglement génétique. Elle semble présente chez la plupart des groupes d'organismes, mais peut-être davantage chez les espèces hermaphrodites, plus particulièrement chez les plantes (qui sont en majorité hermaphrodites). La sélection naturelle ne peut pas éliminer tous les gènes délétères récessifs d'une population pour plusieurs raisons. D'abord, ces gènes apparaissent constamment par mutations au sein d'une population. Ensuite, dans une population où la consanguinité est fréquente, la plupart des descendants possèdent certains caractères délétères, si bien que peu d'entre eux seront plus aptes que les autres à la survie. Les différents caractères délétères n'affecteront cependant probablement pas de la même manière la reproduction. Un caractère récessif particulièrement désavantageux chez un individu homozygote récessif s'éliminera vraisemblablement de lui-même, limitant ainsi l'expression de son phénotype. Enfin, les allèles récessifs délétères seront « masqués » chez les individus hétérozygotes, et ces derniers ne subiront pas la pression sélective (effet de dominance).
Giovanna Ambrosini, Nicolas Jean Philippe Guex, Christian Iseli