Ioukos (en russe, ЮКОС ; aussi orthographié Youkos, en anglais : Yukos) est une compagnie pétrolière russe, jadis contrôlée par l'oligarque russe Mikhaïl Khodorkovski et plusieurs hommes d'affaires russes d'importance.
Jusqu'en juillet 2004, Ioukos était une des plus grandes compagnies pétrolières privées au monde. Elle produisait 20 % du pétrole en Russie, soit 2 % de la production mondiale.
En 1995, au milieu de la vague de privatisations des biens de l'État russe par distribution de parts (vouchers) aux habitants puis ventes aux enchères, Mikhaïl Khodorkovski rachète le groupe Ioukos pour 360 millions de dollars lors d'une vente critiquée : les deux seuls acheteurs ayant été autorisés par le pouvoir de Boris Eltsine à participer aux enchères étaient des compagnies détenues à 51 % par la Menatep, banque alors dirigée par Mikhaïl Khodorkovski.
Au début des années 2000, Mikhaïl Khodorkovski se rapproche des États-Unis afin de nouer des alliances avec le groupe américain Exxon Mobil.
En 2003, Exxon Mobil et Chevron Texaco étaient intéressées par le rachat de parts de Ioukos. Cette vente était prévue à hauteur de 20 milliards de dollars .
Durant l'été 2003, l'entreprise Ioukos est soupçonnée de malversations financières. Le numéro 2 de l'entreprise pétrolière, Platon Lebedev, est arrêté par la justice le . À la suite de cette arrestation, Mikhaïl Khodorkovski est entendu comme témoin.
En août 2003, une fusion est formellement conclue avec l'entreprise Sibneft présidée par Roman Abramovitch, mais elle n'est pas suivie d'effet à cause de l'arrestation du président de Ioukos, Mikhaïl Khodorkovski, en . Khodorkovski est ensuite condamné à une peine de neuf ans de prison pour fraude fiscale. Le , le gouvernement russe gèle 44 % des actions de la compagnie pour éviter sa vente par un groupe d'actionnaires menés par Mikhaïl Khodorkovski. Dès lors, Ioukos investit massivement dans des entreprises étrangères, de manière à se protéger légalement contre toute nationalisation.