Le drapeau de la Franche-Comté ou drapeau comtois est aujourd'hui un drapeau régional français inspiré du blason de la province de Franche-Comté lui-même inspiré des armes du comte de Bourgogne. Le bleu et le jaune y dominent avec un fond d’azur semé de billettes d’or mettant en valeur en son centre un lion d'or couronné, debout et de profil, la langue et les griffes de couleur rouge sorties. Il possède également sa propre devise : . Comme beaucoup d'autres symboles locaux, il fut plusieurs fois menacé de disparition, soit par manque d'intérêt de la population, soit lorsque les blasons de ce type furent abolis, à la suite notamment de la conquête et la Révolution française. Mais, à la fin des années 1980, le blason comtois connaît un regain d'attention. Le président de la région, Edgar Faure, voulant lui redonner ses titres de noblesse et le réutiliser, crée alors le drapeau tel qu'il est. Au , l'étendard franc-comtois, s'il est encore peu commun dans la région, voit sa popularité progresser. thumb|right|150px|Blason comtois. Le drapeau de la Franche-Comté est blasonné, c'est-à-dire qu'il est basé sur les armoiries de la région. Le drapeau est donc décrit ainsi : sur champ d'azur semé de billettes d'or sans nombre, un lion d'or de Bourgogne rampant, armé et lampassé de gueules, brochant sur le tout. De nombreuses versions contemporaines du drapeau franc-comtois existent, dont beaucoup prennent des libertés à l'égard de l'original officiel. Ainsi, la quasi-totalité des nouvelles versions arborées du lion omettent son sexe ainsi que souvent ses griffes et sa langue rouges. Aussi, les couleurs sont le plus souvent réduites au seul or et azur. À l'époque le Comté de Bourgogne, un blason précéda celui qui a servi de modèle au drapeau . En effet, quand les nobles se dotèrent de blasons dans la seconde moitié du , les comtes de Bourgogne étaient issus d'Otton de Bourgogne, fils cadet de l'empereur Frédéric Barberousse. Ils choisirent l'aigle pour emblème qu'ils mirent d'argent sur un fond de gueules à l'image de leur connivence avec le Saint-Empire romain germanique.