Un micropolluant est une substance (minérale, biologique, organique, radioactive..) polluante (et donc altéragène biologique, physique ou chimique) présente dans des concentrations très faibles dans l'eau (de l'ordre du microgramme ou du nanogramme par litre), dans l'air ou le sol, et qui peut avoir une action toxique ou écotoxique pour tout ou partie des organismes ou l'écosystème. Par exemple : les résidus médicamenteux, les hormones, les pesticides ou encore les cosmétiques.
Certains de ces produits sont plus ou moins rapidement dégradables, d'autres ne le sont pas.
Beaucoup de ces produits sont présents en nombre croissant dans l'environnement (« polluants émergents » ), souvent présent en faibles doses et en cocktails de polluants ce qui pose des problèmes toxicologiques et écotoxicologiques complexes. Comme ils sont diffus dans les masses d'eau, d'air et dans le sol, il est difficile de leur appliquer le principe pollueur-payeur et de les épurer dans l'environnement. La solution la plus efficace est de traiter les effluents industriels, agricoles, domestiques et urbains avant leur rejet dans le milieu. Les médicaments posent problème, le papier hygiénique, qu'il soit recyclé ou non, est source de pollution.
L'identification des micropolluants et leur traçage peut permettre de mieux les éliminer en amont au niveau industriel, ou de les faire disparaître grâce à l'utilisation de produits alternatifs moins polluants ou biodégradables.
En 2009, la Directive-cadre sur l'eau (DCE) impose aux STEP (stations d'épuration) de mesurer dans leurs effluents certains micropolluants rejetés dans le milieu récepteur. 41 substances dites prioritaires ou dangereuses prioritaires ont été retenues, à réduire ou éliminer des effluents traités, avant 2015 (ou 2021 pour les moins dangereuses) pour retrouver le bon état écologique.
La définition française du micropolluant est : .
Coûts : éliminer les micropolluants de l'eau est coûteux : 60 000 à 200 000 euros/kilogramme de pesticides éliminés dans l’eau pour la rendre potable mais selon la cour des comptes, le traitement préventif serait 2 à 5 fois moins cher au m que le traitement curatif.
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vignette|Les détritus de type déchets ménagers sont souvent indicateurs de pollutions (métaux lourds, micro-organismes) posant des problèmes de santé publique, notamment dans les régions où les eaux de surfaces sont utilisées pour la boisson, la lessive, la vaisselle, se laver, faire la cuisine, etc.). vignette|Les pollutions les plus spectaculaires (par des sels de fer ici) ne sont pas toujours les plus toxiques, mais de fortes concentrations d'un produit non réputé toxique (fer, sel par exemple) peuvent faire disparaître la plupart des formes de vie.
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