Le pachalik de Tombouctou ou pachalik du Soudan est le territoire situé autour des villes de Tombouctou et de Gao, au Mali, qui devint une province marocaine après son annexion en 1591 et qui demeura gouverné par les Marocains et leurs descendants jusqu'au début du , avec une interruption de 4 mois lors de l'occupation de Tombouctou par les Touaregs en 1737. Guerre maroco-songhaï À la fin du , les rois saadiens, forts de la réunification du Maroc et de leur victoire à la bataille des Trois Rois, mais ayant des besoins financiers importants, désirent contrôler les pistes sahariennes et les mines d'or et de sel qui dépendent de l'Empire songhaï. Face à un Askia Ishaq II récalcitrant à céder les mines de Teghazza, les Saadiens décident de diriger leur extension territoriale vers le sud et de les annexer. Ainsi, en 1577, les forces marocaines atteignirent Teghazza et obtiennent des Songhaïs l'exploitation des salines. En 1582, une expédition mal préparée échoue devant Tombouctou. Le , une force commandée par Yuder Pacha atteint le Niger, entre Bamba et Bourem, et y est battue, perdant la moitié de son effectif. Le reste de l'armée se dirige alors vers Gao, la capitale de l'Empire songhaï. Les deux armées se confrontent le lors de la bataille de Tondibi, à au nord de Gao, et les Songhaïs sont mis en déroute par les Marocains, équipés d'armes à feu. L'établissement du pachalik se fait par la destruction complète du pouvoir politique songhaï. Ishak II est alors forcé à quitter le pays pour s'établir en pays Gourmantché, où il trouvera la mort. Dans le Dendi, les dernières poches de la résistance songhaï menée par le successeur d'Ishak II, Muhammad-Gao, sont vaincues entre 1592 à 1594. Une fois l'opposition militaire songhaï éliminée, l'élite lettrée est à son tour éliminée en tant que force politique : des dizaines de oulémas sont massacrés ou exilés comme le célèbre Ahmed Baba. Les pachas échouent toutefois devant Djenné, qui n'est conquise qu'en 1599.