Les choanocytes sont des cellules endodermiques caractéristiques des éponges et des coraux. De structure fine, cette cellule est dotée d'une collerette encerclant un fouet (ou un flagelle). La cellule est capable de phagocyter les particules de l'eau attrapées dans la collerette, dont elle se sert comme nutriment. Le flagelle a pour fonction d'agiter l'eau prisonnière de la collerette et de la faire repartir pour un renouvellement permanent. En outre elle est pourvue d'un noyau et de vacuoles digestives. Très proche de la cellule des flagellés (au point que ceux-ci sont appelés « choanoflagellés »), le choanocyte est un caractère dérivé propre qui détermine en partie le clade des spongiaires.
Anders Meibom, Stéphane Laurent Escrig, Nils Rädecker, Louise Helene Soegaard Jensen, Niclas Heidelberg Lyndby, Sandrine Denise Françoise Bessette, Michael Kühl