Élément viral endogène

Un élément viral endogène (EVE), ou endovirus (mot-valise construit sur endogenous virus, « virus endogène »), est une séquence d'ADN présente dans la lignée germinale d'un organisme non viral mais dérivée d'un virus. Les EVE peuvent être des génomes viraux entiers (provirus) ou des fragments de génomes viraux. Les EVE résultent de l'intégration d'une séquence d'ADN viral dans le génome d'une cellule germinale qui produit ensuite un organisme viable. Un EVE nouvellement établi peut être hérité d'une génération à l'autre en tant qu'allèle de l'espèce hôte. S'il apparaît des individus homozygotes pour cet allèle, l'EVE peut être dans le génome de l'espèce. Les EVE qui se présentent sous la forme de provirus, notamment les rétrovirus endogènes, peuvent rester capables de produire des virus infectieux dans leur état endogène, en réponse à des hormones ou à des facteurs externes à l'organisme comme des radiations ou à l'exposition à des agents chimiques. La réplication de virus endogènes peut aussi conduire à la prolifération d'insertions virales dans la lignée germinale. Pour la plupart des virus non rétroviraux, l'intégration à la lignée germinale semble être un événement rare, et les EVE qui en résultent ne sont souvent que des fragments du génome du virus parent. De tels fragments ne sont pas capables de produire un virus infectieux, mais ils peuvent exprimer des protéines ou de l'ARN, notamment des récepteurs transmembranaires . Leur conservation dans le génome, parfois depuis des millions d'années, s'explique par l'avantage évolutif que cette expression peut procurer (on parle alors de virus « domestiqués »). On a identifié des EVE dans le génome d'animaux, de plantes et de champignons, cette identification étant essentiellement fondée sur leur similarité avec des virus connus. Depuis 2021 on sait que la composition en k-mères des rétrovirus endogènes (ERV) ressemble à celle de leurs homologues exogènes ; en conséquence, il est maintenant possible d'identifier de nouveaux groupes d'ERV dont les parents exogènes se sont éteints ou n'ont pas encore été découverts.