Prophage

vignette|236x236px| Formation d'un prophage Un prophage est un génome de bactériophage (souvent raccourci en "phage") inséré et intégré dans le chromosome d'ADN bactérien circulaire ou existe sous forme de plasmide extrachromosomique. Il s'agit d'une forme latente de phage, dans laquelle les gènes viraux sont présents dans la bactérie sans provoquer de perturbation de la cellule bactérienne. Pro signifie avant, donc, prophage signifie le stade d'un virus sous forme de génome inséré dans l'ADN de l'hôte avant d'être activé à l'intérieur de l'hôte. Les prophages sont capables de faire une multitude de choses au sein de leurs souches bactériennes respectives. Les prophages peuvent augmenter le potentiel de virulence des souches bactériennes chez les humains et les agents pathogènes des plantes, ainsi que la capacité des bactéries à survivre dans des environnements difficiles. Des agents pathogènes ont ainsi pu s'adapter et prospérer dans un large éventail d'environnements. Certains agents pathogènes anaérobies tels que Clostridium perfringens et Clostridium difficile colonisent les intestins et sont incapables de survivre dans des endroits avec de grandes quantités d'oxygène pendant de longues périodes. D'autres encore peuvent résider dans le sol comme B. anthracis, tandis que des agents pathogènes tels que C. difficile peuvent même survivre dans des environnements hospitaliers très stériles. Les prophages peuvent fournir à ces bactéries à la fois des mécanismes de résistance et des avantages métaboliques qui donnent à la cellule hôte les meilleures chances de survie altérant parfois même complètement le génome bactérien. Les prophages sont des agents importants du transfert horizontal de gènes, et sont considérés comme faisant partie du mobilome. Toutes les familles de virus bactériens avec des génomes d'ADN circulaires (simple brin ou double brin) ou reproduisant leurs génomes par un intermédiaire circulaire (par exemple, les Caudovirales) ont des membres tempérés.