L’univers de Dune se compose de plusieurs organisations principales ayant une influence sensible sur le déroulement des évènements.
Après l'émergence des Titans, les planètes du Vieil Empire qui ne sont pas tombés sous leur joug se regroupent pour se protéger mutuellement contre leur nouvel ennemi et prennent pour nom la Ligue des Nobles. L'avènement d'Omnius diminue le nombre de mondes dans cette organisation mais renforce sa détermination et une longue guerre d'usure commence entre les machines pensantes et la Ligue des Nobles.
Landsraad
Le Landsraad, constitué des Maisons Majeures et Mineures et présidé par l’Empereur Padishah Shaddam IV, constitue la structure du pouvoir en place dans l’Impérium avant le règne de Leto II. Il a pour origine la Ligue des Nobles, représentants des mondes libres lors de la Guerre des Machines. Toutefois, quelques organisations évoluent indépendamment du Landsraad et ne subissent aucune influence de celui-ci. Il s’agit du Bene Gesserit, du Bene Tleilax, de la Guilde spatiale, du CHOM et des Fremen, ainsi que des contrebandiers de Dune.
Bene Gesserit
Organisation exclusivement féminine fondée par Raquella Berto-Anirul, petite-fille naturelle de Vorian Atréides. Les Sœurs sont issues des sorcières de Rossak ayant survécu à Peste d’Omnius. Le Bene Gesserit a pour dessein la création d’un être suprême masculin, le Kwisatz Haderach, doté du don de prescience, qui guidera l’humanité vers un hypothétique âge d’or. Leur programme génétique, sur pied depuis des centaines de générations, doit aboutir à la création de cet être. Les membres du Bene Gesserit sont les Révérendes Mères. Les apprenties portent le nom d'Acolytes.
Le Bene Gesserit exerce également sa mission de préparation religieuse sur certains peuples, comme les Fremen, en leur instillant des notions de prophéties et de divinités, la Missionaria Protectiva, qui est censée préparer religieusement ces peuples dans l’intérêt du Bene Gesserit.
Les Sœurs du Bene Gesserit sont capables d'une maîtrise extrême de leur organisme et de leur psyché.