La viande de chauve-souris fait partie des viandes de brousses qui sont source d’alimentation humaine, principalement dans certains pays d'Afrique subsaharienne, d’Asie et d’Océanie. Là où ils sont présents les chiroptères de grande taille (Megachiroptera) sont plus recherchées, roussettes notamment, car portant plus de chair (selon l'édition de 1999 de l’ Oxford Companion to Food, le goût de la viande de Roussette ressemble à celui du poulet. Mais dans certains pays, des chauves-souris de plus petite taille sont également consommées. Selon Hopkins, cette viande a un faible taux de matières grasses et est riche en protéines. C'est un mets très recherché par les Chinois qui considèrent parfois que sa consommation peut guérir l’asthme, les affections rénales et systémiques. Les chauves-souris (frugivores y compris) sont le réservoir de nombreux virus émergents (Henipavirus, SRAS, ancêtre du COVID-19), leur chasse, manipulation, préparation et consommation favorisent la transmission de ces virus à l'homme. Une morsure de chauve-souris peut aussi transmettre une forme de rage. Le premier exemple démontré de ce risque a été que la consommation de viande de chauve-souris était, de manière chronique, sur l'île de Guam source directe d'une maladie neurologique grave, dite « syndrome de Guam ». En effet, le roussette des îles Mariannes (Pteropus mariannus), l'un des mets préféré de l'ethnie Chamorro, est vecteur d'une cyanobactérie, autrefois inconnue, qui produit une toxine BMAA, puissante, non détruite à la digestion, qui est bioaccumulée par les chauve-souris lorsque celles-ci se nourrissent de graines d'une espèce de Cycadaceae, Cycas micronesica lesquelles ont déjà bioaccumulée cette toxine provenant d'une bactérie symbiote de l'arbre. La raréfaction de cette roussette dans l'île de Guam a expliqué une diminution de l'incidence de la maladie chez les Chamorros. Selon la base de données « DBatVir », spécialement créée pour étudier les coronavirus de chauve-souris : entre 2005 et mai 2020, pas moins de 200 nouveaux CoV ont été identifiés chez les chauves-souris.