En biologie cellulaire, les cils cellulaires sont des extensions du cytoplasme que l'on retrouve dans presque tous les types cellulaires eucaryotes. Ces cils s'observent notamment dans certains tissus épithéliaux, organisés en rangées au pôle apical de la cellule, on parle alors de spécialisation apicale. Ces cils sont plus courts que les flagelles. On distingue les cils primaires (qui possèdent une fonction sensorielle) et les cils vibratiles. Il existe également des cils nodaux que l'on retrouve au stade embryonnaire, impliqués dans l'arrangement des futurs organes. Les maladies génétiques qui affectent les cilia sont dites ciliopathies. Les cils des cellules eucaryotes sont des structures formées de microtubules. Ce sont des organites anciens que l'on retrouve déjà chez certains protistes unicellulaires (Chlamydomonas, Tetrahymena, Paramecium) et qui sont également présents chez des organismes multicellulaires plus complexes, et notamment chez l'être humain. Les cils cellulaires ont une taille d’environ 7 à 10 micromètres de long pour un diamètre de 0,2 micromètre. Leur structure varie selon leur type : on distingue des cils vibratiles ou « motiles » de cils dits « primaires ». Les cils vibratiles se retrouvent au niveau des cellules épithéliales ciliées en grand nombre et alignées en rangées tandis que les cils primaires sont (presque toujours) solitaires et immobiles. La structure interne du cil contient un axonème, structure composée de microtubules arrangés en doublets (paire de microtubules) de manière circulaire. Le cil vibratile est construit autour d’un complexe central cylindrique, l’axonème, qui est constitué d’une paire centrale de microtubules et de neuf autres en doublet espacés autour de lui (structure axonémale dite en « 9 + 2 ») pour le cil vibratile. Le cil primaire a un axonème plutôt 9+0 puisqu'il ne contient pas de doublet de microtubule central. L'axonème en "9+2", présent chez les cils vibratiles, dérive d'un centre organisateur des microtubules (COMT, ou MTOC en anglais) situé au pôle apical de la cellule appelé le corps basal.

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