Le ou la comté de Bourgogne, appelé aussi Franche Comté de Bourgogne, est un important comté constitué à partir de 982 par le comte Otte-Guillaume de Bourgogne. Il fait partie du Royaume de Bourgogne, avant d'être un État du Saint-Empire romain germanique durant , de l'an 1032 à l'an 1679.
Ce comté est formé par la réunion des quatre circonscriptions administratives carolingiennes (pagi bourguignons) : l'Amous (région de la Saône, de l'Ognon et du Doubs), l'Escuens (région de Château-Chalon), le Portois (région de Port-sur-Saône) et le Varais (région enserrée dans le « M » que forme le tracé de la rivière Doubs).
À l'origine, son territoire correspond approximativement à l'actuelle région de Franche-Comté sans le Territoire de Belfort et le Pays de Montbéliard. Il a pour capitale Dole (château de Dole) où se trouve le parlement et les États de Franche-Comté. Il est gouverné du au par les comtes palatins de Bourgogne. Les gouverneurs de la province siègent à Gray (château de Gray) jusqu'en 1668 puis à Besançon.
gauche|vignette|Les pagi bourguignons au .|260x260px
Le comté de Bourgogne s'élabore lentement. Les terres comtoises font d'abord partie des différents : royaume des Burgondes (443-534), Bourgogne mérovingienne (534-751), puis intégrées dans le royaume franc carolingien devenu empire. Ils suivent ensuite la destinée des différents royaumes issus du démembrement de l'Empire carolingien causé par le traité de Verdun de 843. En 888, les circonstances ont permis au roi , fils du comte-abbé , de transformer le ducatus de son père en royaume. Il s'est fait élire roi par une assemblée de grands et de prélats réunis à l'abbaye territoriale de Saint-Maurice d'Agaune, et Rodolphe a réussi à étendre son pouvoir sur le diocèse de Besançon, ou tout au moins sur une partie de celui-ci. Après , le pouvoir passe successivement à ses descendants, les rois , Conrad le Pacifique, puis .
« Souverains débiles et sans puissance réelle » écrit Lucien Febvre, ils n'exercent qu'un pouvoir nominal. Leurs vassaux sont maîtres du royaume.