Un microsatellite (ou séquence microsatellite) est une séquence d'ADN formée par une répétition continue de motifs composés de 1 à 4 nucléotides le plus souvent. La transmission génétique de ces séquences suit les lois de Mendel de l'hérédité. Ces « motifs » sont très abondants dans tout le génome de tous les eucaryotes (un même microsatellite peut être présent en milliers d'exemplaires dans le génome d'une espèce avec par exemple et en moyenne, un microsatellite di- ou tri-nucléotidique tous les chez les végétaux supérieurs). Ils sont le plus souvent trouvés au niveau des introns des gènes et au niveau d'exons. La longueur de ces séquences (c'est-à-dire le nombre de répétitions ; de en général) varie selon l'espèce, mais aussi d'un individu à l'autre et d'un allèle à l'autre chez un même individu, voire d'une cellule à l'autre du fait d'« erreurs » au cours de la réplication de l'ADN. Mais la localisation de ces séquences dans le génome est relativement conservée entre espèces phylogénétiquement proches. Le « polymorphisme » des microsatellites peut être utilisé : comme marqueur génétique afin d'identifier un individu, par exemple en médecine légale ou pour le suivi d'animaux en voie de disparition ; réaliser un typage moléculaire de certains cancers où les erreurs de réplication peuvent être plus nombreuses que dans des cellules normales ; identifier des cellules d'un donneur lors du suivi d'une greffe de moelle allogénique, en utilisant la technique dite de chimérisme ; comme « marqueurs » pour construire une carte génétique ; pour le screening de la biodiversité (voir aussi métabarcoding) ; pour mesurer la diversité génétique au sein d'une population ou d'une métapopulation animale ou végétale, et le cas échéant détecter l’existence, et mesurer le risque ou gravité de phénomènes de consanguinité, de dérive génétique ou de goulot d'étranglement génétique (bison d'Europe, Castor eurasiatique ou populations écopaysagèrement isolées de mustélidés par exemple).

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